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タイトルCryo-EM structures of the human NaS1 and NaDC1 transporters revealed the elevator transport and allosteric regulation mechanism.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 10, Issue 13, Page eadl3685, Year 2024
掲載日2024年3月29日
著者Ximin Chi / Yiming Chen / Yaning Li / Lu Dai / Yuanyuan Zhang / Yaping Shen / Yun Chen / Tianhao Shi / Haonan Yang / Zilong Wang / Renhong Yan /
PubMed 要旨The solute carrier 13 (SLC13) family comprises electrogenic sodium ion-coupled anion cotransporters, segregating into sodium ion-sulfate cotransporters (NaSs) and sodium ion-di- and-tricarboxylate ...The solute carrier 13 (SLC13) family comprises electrogenic sodium ion-coupled anion cotransporters, segregating into sodium ion-sulfate cotransporters (NaSs) and sodium ion-di- and-tricarboxylate cotransporters (NaDCs). NaS1 and NaDC1 regulate sulfate homeostasis and oxidative metabolism, respectively. NaS1 deficiency affects murine growth and fertility, while NaDC1 affects urinary citrate and calcium nephrolithiasis. Despite their importance, the mechanisms of substrate recognition and transport remain insufficiently characterized. In this study, we determined the cryo-electron microscopy structures of human NaS1, capturing inward-facing and combined inward-facing/outward-facing conformations within a dimer both in apo and sulfate-bound states. In addition, we elucidated NaDC1's outward-facing conformation, encompassing apo, citrate-bound, and -(-amylcinnamoyl) anthranilic acid (ACA) inhibitor-bound states. Structural scrutiny illuminates a detailed elevator mechanism driving conformational changes. Notably, the ACA inhibitor unexpectedly binds primarily anchored by transmembrane 2 (TM2), Loop 10, TM11, and TM6a proximate to the cytosolic membrane. Our findings provide crucial insights into SLC13 transport mechanisms, paving the way for future drug design.
リンクSci Adv / PubMed:38552027 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.5 - 3.3 Å
構造データ

37320

8w6c

EMDB-37320, PDB-8w6c:
CryoEM structure of NaDC1 with Citrate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

37321

8w6d

EMDB-37321, PDB-8w6d:
CryoEM structure of NaDC1 in apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

37322

8w6g

EMDB-37322, PDB-8w6g:
NaDC1 with inhibitor ACA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

37323

8w6h

EMDB-37323, PDB-8w6h:
NaS1 with sulfate - IN/IN state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

37329

8w6n

EMDB-37329, PDB-8w6n:
NaS1 with sulfate in IN/OUT state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

37330

8w6o

EMDB-37330, PDB-8w6o:
NaS1 in IN/IN state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

37332

8w6t

EMDB-37332, PDB-8w6t:
NaS1 in IN/OUT state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

化合物

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

ChemComp-CIT:
CITRIC ACID / クエン酸

ChemComp-3PH:
1,2-DIACYL-GLYCEROL-3-SN-PHOSPHATE / ジステアロイルホスファチジン酸

ChemComp-HOH:
WATER


化合物 画像なし

ChemComp-VIJ:
Unknown entry

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Citrate / transporter / NaDC1 / inhibitor / sulfate / NaS1 / apo state / IN/IN state / IN/OUT state

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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