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Structure paper

タイトルStructural basis of human Na1.5 gating mechanisms.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 122, Issue 20, Page e2416181122, Year 2025
掲載日2025年5月20日
著者Rupam Biswas / Ana Laura López-Serrano / Apoorva Purohit / Angelina Ramirez-Navarro / Hsiang-Ling Huang / Giovanna Grandinetti / Xiaolin Cheng / Sarah M Heissler / Isabelle Deschênes / Krishna Chinthalapudi /
PubMed 要旨Voltage-gated Na1.5 channels are central to the generation and propagation of cardiac action potentials. Aberrations in their function are associated with a wide spectrum of cardiac diseases ...Voltage-gated Na1.5 channels are central to the generation and propagation of cardiac action potentials. Aberrations in their function are associated with a wide spectrum of cardiac diseases including arrhythmias and heart failure. Despite decades of progress in Na1.5 biology, the lack of structural insights into intracellular regions has hampered our understanding of its gating mechanisms. Here, we present two cryo-EM structures of human Na1.5 in open states, revealing sequential conformational changes in gating charges of the voltage-sensing domains (VSDs) and several intracellular regions. Despite the channel being in the open state, these structures show repositioning, but no dislodging of the IFM motif in the receptor site. Molecular dynamics analyses show our structures with CTD conduct Na ions. Notably, our structural findings highlight a dynamic C-terminal domain (CTD) and III-IV linker interaction, which regulates the conformation of VSDs and pore opening. Electrophysiological studies confirm that disrupting this interaction alters fast inactivation of Na1.5. Together, our structure-function studies establish a foundation for understanding the gating mechanisms of Na1.5 and the mechanisms underlying CTD-related channelopathies.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:40366698 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.6 - 3.9 Å
構造データ

43662

8vyj

EMDB-43662, PDB-8vyj:
Structure of full-length human cardiac sodium channel - Class-I.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

43663

8vyk

EMDB-43663, PDB-8vyk:
Structure of full-length human cardiac sodium channel - Class-II.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

化合物

ChemComp-6OU:
[(2~{R})-1-[2-azanylethoxy(oxidanyl)phosphoryl]oxy-3-hexadecanoyloxy-propan-2-yl] (~{Z})-octadec-9-enoate / リン脂質*YM

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

由来
  • Mammalia (両生類)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Voltage gated sodium channel / Nav1.5 / Ion Transporter / Ion Transport

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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