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タイトルEngineering immunogens that select for specific mutations in HIV broadly neutralizing antibodies.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 9503, Year 2024
掲載日2024年11月3日
著者Rory Henderson / Kara Anasti / Kartik Manne / Victoria Stalls / Carrie Saunders / Yishak Bililign / Ashliegh Williams / Pimthada Bubphamala / Maya Montani / Sangita Kachhap / Jingjing Li / Chuancang Jaing / Amanda Newman / Derek W Cain / Xiaozhi Lu / Sravani Venkatayogi / Madison Berry / Kshitij Wagh / Bette Korber / Kevin O Saunders / Ming Tian / Fred Alt / Kevin Wiehe / Priyamvada Acharya / S Munir Alam / Barton F Haynes /
PubMed 要旨Vaccine development targeting rapidly evolving pathogens such as HIV-1 requires induction of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) with conserved paratopes and mutations, and in some cases, the ...Vaccine development targeting rapidly evolving pathogens such as HIV-1 requires induction of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) with conserved paratopes and mutations, and in some cases, the same Ig-heavy chains. The current trial-and-error search for immunogen modifications that improve selection for specific bnAb mutations is imprecise. Here, to precisely engineer bnAb boosting immunogens, we use molecular dynamics simulations to examine encounter states that form when antibodies collide with the HIV-1 Envelope (Env). By mapping how bnAbs use encounter states to find their bound states, we identify Env mutations predicted to select for specific antibody mutations in two HIV-1 bnAb B cell lineages. The Env mutations encode antibody affinity gains and select for desired antibody mutations in vivo. These results demonstrate proof-of-concept that Env immunogens can be designed to directly select for specific antibody mutations at residue-level precision by vaccination, thus demonstrating the feasibility of sequential bnAb-inducing HIV-1 vaccine design.
リンクNat Commun / PubMed:39489734 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.6 - 4.31 Å
構造データ

43225

8vgv

EMDB-43225, PDB-8vgv:
DH270.6 Fab bound to the HIV-1 CH848 DE3 SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

43228

8vgw

EMDB-43228, PDB-8vgw:
VRC01 Fab bound to the HIV-1 CH848 DE3 SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

43231

8vh1

EMDB-43231, PDB-8vh1:
CH235.12 Fab bound to the HIV-1 CH505.M5 SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.08 Å

43232

8vh2

EMDB-43232, PDB-8vh2:
CH235.12 Fab bound to the HIV-1 CH505.M5 SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.31 Å

43233

8vh3

EMDB-43233, PDB-8vh3:
CH505.M5.G458Y CE2 Design SOSIP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

由来
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / Immunogen / Vaccine / Antibody / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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