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万見
- EMDB-43233: CH505.M5.G458Y CE2 Design SOSIP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-43233
タイトルCH505.M5.G458Y CE2 Design SOSIP
マップデータ
試料
  • 複合体: HIV-1 ectodomain
    • タンパク質・ペプチド: CH505.CE2 SOSIP gp120
    • タンパク質・ペプチド: CH505.CE2 SOSIP gp41
キーワードImmunogen / Vaccine / Antibody / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane ...positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Henderson R / Acharya P
資金援助 米国, 4件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)DP2-AI164323 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)UM1AI144371 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)R01AI145687 米国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U54AI170752 米国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Engineering immunogens that select for specific mutations in HIV broadly neutralizing antibodies.
著者: Rory Henderson / Kara Anasti / Kartik Manne / Victoria Stalls / Carrie Saunders / Yishak Bililign / Ashliegh Williams / Pimthada Bubphamala / Maya Montani / Sangita Kachhap / Jingjing Li / ...著者: Rory Henderson / Kara Anasti / Kartik Manne / Victoria Stalls / Carrie Saunders / Yishak Bililign / Ashliegh Williams / Pimthada Bubphamala / Maya Montani / Sangita Kachhap / Jingjing Li / Chuancang Jaing / Amanda Newman / Derek W Cain / Xiaozhi Lu / Sravani Venkatayogi / Madison Berry / Kshitij Wagh / Bette Korber / Kevin O Saunders / Ming Tian / Fred Alt / Kevin Wiehe / Priyamvada Acharya / S Munir Alam / Barton F Haynes /
要旨: Vaccine development targeting rapidly evolving pathogens such as HIV-1 requires induction of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) with conserved paratopes and mutations, and in some cases, the ...Vaccine development targeting rapidly evolving pathogens such as HIV-1 requires induction of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) with conserved paratopes and mutations, and in some cases, the same Ig-heavy chains. The current trial-and-error search for immunogen modifications that improve selection for specific bnAb mutations is imprecise. Here, to precisely engineer bnAb boosting immunogens, we use molecular dynamics simulations to examine encounter states that form when antibodies collide with the HIV-1 Envelope (Env). By mapping how bnAbs use encounter states to find their bound states, we identify Env mutations predicted to select for specific antibody mutations in two HIV-1 bnAb B cell lineages. The Env mutations encode antibody affinity gains and select for desired antibody mutations in vivo. These results demonstrate proof-of-concept that Env immunogens can be designed to directly select for specific antibody mutations at residue-level precision by vaccination, thus demonstrating the feasibility of sequential bnAb-inducing HIV-1 vaccine design.
履歴
登録2023年12月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月2日-
マップ公開2024年10月2日-
更新2024年11月13日-
現状2024年11月13日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_43233.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_43233.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 345.6 Å		1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 345.6 Å		1.08 Å/pix.
x 320 pix.
= 345.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 2.88
最小 - 最大-11.677167000000001 - 17.187462
平均 (標準偏差)0.0045058345 (±0.29962376)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 345.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_43233_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_43233_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : HIV-1 ectodomain

全体名称: HIV-1 ectodomain
要素
  • 複合体: HIV-1 ectodomain
    • タンパク質・ペプチド: CH505.CE2 SOSIP gp120
    • タンパク質・ペプチド: CH505.CE2 SOSIP gp41

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超分子 #1: HIV-1 ectodomain

超分子名称: HIV-1 ectodomain / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)

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分子 #1: CH505.CE2 SOSIP gp120

分子名称: CH505.CE2 SOSIP gp120 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 51.373711 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: ENLWVTVYYG VPVWKEAKTT LFCASDAKAY EKEVHNVWAT HACVPTDPNP QEMVLKNVTE NFNMWKNDMV DQMHEDVISL WDQSLKPCV KLTPLCVTLN CTNATASNSS IIEGMKNCSF NITTELRDKR EKKNALFYKL DIVQLDGNSS QYRLINCNTS V ITQACPKV ...文字列:
ENLWVTVYYG VPVWKEAKTT LFCASDAKAY EKEVHNVWAT HACVPTDPNP QEMVLKNVTE NFNMWKNDMV DQMHEDVISL WDQSLKPCV KLTPLCVTLN CTNATASNSS IIEGMKNCSF NITTELRDKR EKKNALFYKL DIVQLDGNSS QYRLINCNTS V ITQACPKV SFDPIPIHYC APAGYAILKC NNKTFTGTGP CNNVSTVQCT HGIKPVVSTQ LLLNGSLAEG EIIIRSENIT KN VKTIIVH LNESVKIECT RPNNKTRTSI RIGPGQAFYA TGQVIGDIRE AYCNINESKW NETLQRVSKK LKEYFPHKNI TFQ PSSGGD LEITTHSFNC GGEFFYCNTS SLFNRTYMAN STETNSTRTI TIHCRIKQII NMWQEVGRAM YAPPIAGNIT CISN ITGLL LTRCYGKNNT ECFRPGGGNM KDNWRSELYK YKVVKIEPLG VAPTRCKRRV V

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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分子 #2: CH505.CE2 SOSIP gp41

分子名称: CH505.CE2 SOSIP gp41 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 16.683998 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
VFLGFLGAAG STMGAASMTL TVQARNLLSG IVQQQSNLLK AIEAQQHMLK LTVWGIKQLQ ARVLAVERYL RDQQLLGIWG CSGKLICCT NVPWNSSWSN RNLSEIWDNM TWLQWDKEIS NYTQIIYGLL EESQNQQEKN EQDLLALD

UniProtKB: Envelope glycoprotein gp160

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.1
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 60.5 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.62 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.46 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 106813
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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