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タイトルUbiquitinated histone H2B as gatekeeper of the nucleosome acidic patch.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res, Vol. 52, Issue 16, Page 9978-9995, Year 2024
掲載日2024年9月9日
著者Chad W Hicks / Sanim Rahman / Susan L Gloor / James K Fields / Natalia Ledo Husby / Anup Vaidya / Keith E Maier / Michael Morgan / Michael-Christopher Keogh / Cynthia Wolberger /
PubMed 要旨Monoubiquitination of histones H2B-K120 (H2BK120ub) and H2A-K119 (H2AK119ub) play opposing roles in regulating transcription and chromatin compaction. H2BK120ub is a hallmark of actively transcribed ...Monoubiquitination of histones H2B-K120 (H2BK120ub) and H2A-K119 (H2AK119ub) play opposing roles in regulating transcription and chromatin compaction. H2BK120ub is a hallmark of actively transcribed euchromatin, while H2AK119ub is highly enriched in transcriptionally repressed heterochromatin. Whereas H2BK120ub is known to stimulate the binding or activity of various chromatin-modifying enzymes, this post-translational modification (PTM) also interferes with the binding of several proteins to the nucleosome H2A/H2B acidic patch via an unknown mechanism. Here, we report cryoEM structures of an H2BK120ub nucleosome showing that ubiquitin adopts discrete positions that occlude the acidic patch. Molecular dynamics simulations show that ubiquitin remains stably positioned over this nucleosome region. By contrast, our cryoEM structures of H2AK119ub nucleosomes show ubiquitin adopting discrete positions that minimally occlude the acidic patch. Consistent with these observations, H2BK120ub, but not H2AK119ub, abrogates nucleosome interactions with acidic patch-binding proteins RCC1 and LANA, and single-domain antibodies specific to this region. Our results suggest a mechanism by which H2BK120ub serves as a gatekeeper to the acidic patch and point to distinct roles for histone H2AK119 and H2BK120 ubiquitination in regulating protein binding to nucleosomes.
リンクNucleic Acids Res / PubMed:39149911 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.93 - 3.47 Å
構造データ

29767

8g6g

EMDB-29767, PDB-8g6g:
H2BK120ub+H3K79me2-modified nucleosome ubiquitin position 5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.93 Å

29769

8g6h

EMDB-29769, PDB-8g6h:
H2BK120ub+H3K79me2-modified nucleosome ubiquitin position 6
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.06 Å

29778

8g6q

EMDB-29778, PDB-8g6q:
H2AK119ub-modified nucleosome ubiquitin position 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.41 Å

29781

8g6s

EMDB-29781, PDB-8g6s:
H2AK119ub-modified nucleosome ubiquitin position 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.47 Å

42898

8v25

EMDB-42898, PDB-8v25:
H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.32 Å

42899

8v26

EMDB-42899, PDB-8v26:
H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.33 Å

42900

8v27

EMDB-42900, PDB-8v27:
H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.34 Å

42901

8v28

EMDB-42901, PDB-8v28:
H2BK120ub-modified nucleosome ubiquitin position 4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.36 Å

由来
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / nucleosome / ubiquitin / histone / chromatin / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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