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タイトルStructural and Functional Characterization of a Novel Class A Flavin Monooxygenase from .
ジャーナル・号・ページBiochemistry, Vol. 63, Issue 19, Page 2506-2516, Year 2024
掲載日2024年10月1日
著者Brian C Richardson / Zachary R Turlington / Sofia Vaz Ferreira de Macedo / Sara K Phillips / Kay Perry / Savannah G Brancato / Emmalee W Cooke / Jonathan R Gwilt / Morgan A Dasovich / Andrew J Roering / Francis M Rossi / Mark J Snider / Jarrod B French / Katherine A Hicks /
PubMed 要旨A gene cluster responsible for the degradation of nicotinic acid (NA) in has recently been identified, and the structures and functions of the resulting enzymes are currently being evaluated to ...A gene cluster responsible for the degradation of nicotinic acid (NA) in has recently been identified, and the structures and functions of the resulting enzymes are currently being evaluated to establish pathway intermediates. One of the genes within this cluster encodes a flavin monooxygenase (BnFMO) that is hypothesized to catalyze a hydroxylation reaction. Kinetic analyses of the recombinantly purified BnFMO suggest that this enzyme catalyzes the hydroxylation of 2,6-dihydroxynicotinic acid (2,6-DHNA) or 2,6-dihydroxypyridine (2,6-DHP), which is formed spontaneously by the decarboxylation of 2,6-DHNA. To understand the details of this hydroxylation reaction, we determined the structure of BnFMO using a multimodel approach combining protein X-ray crystallography and cryo-electron microscopy (cryo-EM). A liganded BnFMO cryo-EM structure was obtained in the presence of 2,6-DHP, allowing us to make predictions about potential catalytic residues. The structural data demonstrate that BnFMO is trimeric, which is unusual for Class A flavin monooxygenases. In both the electron density and coulomb potential maps, a region at the trimeric interface was observed that was consistent with and modeled as lipid molecules. High-resolution mass spectral analysis suggests that there is a mixture of phosphatidylethanolamine and phosphatidylglycerol lipids present. Together, these data provide insights into the molecular details of the central hydroxylation reaction unique to the aerobic degradation of NA in .
リンクBiochemistry / PubMed:39265075
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.5 - 3.14 Å
構造データ

42489

8urc

EMDB-42489, PDB-8urc:
Bacillus niacini flavin monooxygenase
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

42490

8urd

EMDB-42490, PDB-8urd:
Bacillus niacini flavin monooxygenase with bound (2,6)DHP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

PDB-8uiu:
Structure of an FMO from Bacillus niacini
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.14 Å

化合物

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / FAD*YM

ChemComp-DR9:
1-CIS-9-OCTADECANOYL-2-CIS-9-HEXADECANOYL PHOSPHATIDYL GLYCEROL


化合物 画像なし

ChemComp-WTQ:
Unknown entry

由来
  • neobacillus niacini (バクテリア)
キーワードOXIDOREDUCTASE / flavin monooxygenase / CYTOSOLIC PROTEIN / Monooxygenase / flavin binding

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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