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タイトルInfluence of pump laser fluence on ultrafast myoglobin structural dynamics.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 626, Page 905-911, Year 2024
掲載日2022年11月9日 (構造データの登録日)
著者Barends, T.R.M. / Gorel, A. / Bhattacharyya, S. / Schiro, G. / Bacellar, C. / Cirelli, C. / Colletier, J.P. / Foucar, L. / Grunbein, M.L. / Hartmann, E. ...Barends, T.R.M. / Gorel, A. / Bhattacharyya, S. / Schiro, G. / Bacellar, C. / Cirelli, C. / Colletier, J.P. / Foucar, L. / Grunbein, M.L. / Hartmann, E. / Hilpert, M. / Holton, J.M. / Johnson, P.J.M. / Kloos, M. / Knopp, G. / Marekha, B. / Nass, K. / Nass Kovacs, G. / Ozerov, D. / Stricker, M. / Weik, M. / Doak, R.B. / Shoeman, R.L. / Milne, C.J. / Huix-Rotllant, M. / Cammarata, M. / Schlichting, I.
リンクNature / PubMed:38355794
手法X線回折
解像度1.29 - 1.4 Å
構造データ

PDB-8bkh:
Carboxymyoglobin dark state for comparison with power titration and 23 / 101 mJ/cm2 time series
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.35 Å

PDB-8bkn:
Carboxymyoglobin dark state for comparison with 5 mJ/cm2 time series
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.29 Å

PDB-8r8f:
Ensemble-refined carboxymyoglobin photolysis power titration, 6 mJ/cm2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8r8g:
Ensemble-refined carboxymyoglobin photolysis power titration, 18 mJ/cm2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8r8h:
Ensemble-refined carboxymyoglobin photolysis power titration, 31 mJ/cm2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8r8i:
Ensemble-refined carboxymyoglobin photolysis power titration, 56 mJ/cm2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8r8j:
Ensemble-refined carboxymyoglobin photolysis power titration, 101 mJ/cm2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8r8w:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 5 mJ/cm2 laser fluence, 254 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8r8x:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 5 mJ/cm2 laser fluence, 327 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8r8y:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 5 mJ/cm2 laser fluence, 402 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8r8z:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 5 mJ/cm2 laser fluence, 471 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8r90:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 5 mJ/cm2 laser fluence, 604 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8r91:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 5 mJ/cm2 laser fluence, 627 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8r92:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 5 mJ/cm2 laser fluence, 702 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8r93:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 5 mJ/cm2 laser fluence, 847 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8r94:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 5 mJ/cm2 laser fluence, 1001 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8r95:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 5 mJ/cm2 laser fluence, 1401 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8r9c:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 23 mJ/cm2 laser fluence, 320 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8r9d:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 23 mJ/cm2 laser fluence, 399 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8r9e:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 23 mJ/cm2 laser fluence, 469 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8r9f:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 23 mJ/cm2 laser fluence, 537 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8r9g:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 23 mJ/cm2 laser fluence, 600 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8r9h:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 23 mJ/cm2 laser fluence, 661 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8r9i:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 23 mJ/cm2 laser fluence, 733 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8r9j:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 23 mJ/cm2 laser fluence, 822 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8r9k:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 23 mJ/cm2 laser fluence, 922 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8r9l:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 23 mJ/cm2 laser fluence, 1036 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8r9m:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 23 mJ/cm2 laser fluence, 1143 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8r9n:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 23 mJ/cm2 laser fluence, 1224 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8r9p:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 23 mJ/cm2 laser fluence, 1297 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8r9q:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 23 mJ/cm2 laser fluence, 1373 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8ra1:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 101 mJ/cm2 laser fluence, 312 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8ra2:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 101 mJ/cm2 laser fluence, 392 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8ra3:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 101 mJ/cm2 laser fluence, 462 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8ra4:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 101 mJ/cm2 laser fluence, 527 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8ra5:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 101 mJ/cm2 laser fluence, 590 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8ra6:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 101 mJ/cm2 laser fluence, 655 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8ra7:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 101 mJ/cm2 laser fluence, 722 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8ra8:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 101 mJ/cm2 laser fluence, 802 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8ra9:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 101 mJ/cm2 laser fluence, 907 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8raa:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 101 mJ/cm2 laser fluence, 1023 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8rab:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 101 mJ/cm2 laser fluence, 1112 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8rac:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 101 mJ/cm2 laser fluence, 1174 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8rad:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 101 mJ/cm2 laser fluence, 1235 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

PDB-8rae:
Multicopy-refined carboxymyoglobin photolysis time series at 101 mJ/cm2 laser fluence, 1303 fs time delay
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

化合物

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-CMO:
CARBON MONOXIDE / カルボニル

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • equus caballus (ウマ)
キーワードOXYGEN STORAGE / XFEL / SFX / photolysis / pump-probe / Free-electron Laser / Serial Femtosecond Crystallography / time-resolved crystallography / serial crystallography

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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