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タイトルOuter membrane protein assembly mediated by BAM-SurA complexes.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 7612, Year 2024
掲載日2024年9月1日
著者Katherine L Fenn / Jim E Horne / Joel A Crossley / Nils Böhringer / Romany J Horne / Till F Schäberle / Antonio N Calabrese / Sheena E Radford / Neil A Ranson /
PubMed 要旨The outer membrane is a formidable barrier that protects Gram-negative bacteria against environmental threats. Its integrity requires the correct folding and insertion of outer membrane proteins ...The outer membrane is a formidable barrier that protects Gram-negative bacteria against environmental threats. Its integrity requires the correct folding and insertion of outer membrane proteins (OMPs) by the membrane-embedded β-barrel assembly machinery (BAM). Unfolded OMPs are delivered to BAM by the periplasmic chaperone SurA, but how SurA and BAM work together to ensure successful OMP delivery and folding remains unclear. Here, guided by AlphaFold2 models, we use disulphide bond engineering in an attempt to trap SurA in the act of OMP delivery to BAM, and solve cryoEM structures of a series of complexes. The results suggest that SurA binds BAM at its soluble POTRA-1 domain, which may trigger conformational changes in both BAM and SurA that enable transfer of the unfolded OMP to the BAM lateral gate for insertion into the outer membrane. Mutations that disrupt the interaction between BAM and SurA result in outer membrane assembly defects, supporting the key role of SurA in outer membrane biogenesis.
リンクNat Commun / PubMed:39218969 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 5.3 Å
構造データ

18034

8pz1

EMDB-18034, PDB-8pz1:
Wait Complex: Lateral open BAM bound Compact SurA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

18035

8pz2

EMDB-18035, PDB-8pz2:
Wait Complex: Lateral open BAM bound Extended SurA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

18045

8pzu

EMDB-18045, PDB-8pzu:
Wait Complex: BAM bound Darobactin-B and Compact SurA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

18046

8pzv

EMDB-18046, PDB-8pzv:
Wait Complex: BAM bound Darobactin-B and Extended SurA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

18053

8q0g

EMDB-18053, PDB-8q0g:
Release Complex: BAM bound EspP and Compact SurA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

18543

8qp5

EMDB-18543, PDB-8qp5:
Release Complex: BAM bound EspP (SurA released)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

18563

8qpv

EMDB-18563, PDB-8qpv:
Handover Complex: BAM bound OmpX and extended SurA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

18564

8qpw

EMDB-18564, PDB-8qpw:
Arrival Complex: Lateral open BAM bound extended SurA plus OmpX
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.3 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • photorhabdus heterorhabditis (バクテリア)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Outer Membrane / Complex / Chaperone / Protein Folding / Inhibitor

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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