[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルFragment library screening by X-ray crystallography and binding site analysis on thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni.
ジャーナル・号・ページSci Rep, Vol. 14, Page 1582-1582, Year 2024
掲載日2023年6月12日 (構造データの登録日)
著者de Souza Neto, L.R. / Montoya, B.O. / Brandao-Neto, J. / Verma, A. / Bowyer, S. / Moreira-Filho, J.T. / Dantas, R.F. / Neves, B.J. / Andrade, C.H. / von Delft, F. ...de Souza Neto, L.R. / Montoya, B.O. / Brandao-Neto, J. / Verma, A. / Bowyer, S. / Moreira-Filho, J.T. / Dantas, R.F. / Neves, B.J. / Andrade, C.H. / von Delft, F. / Owens, R.J. / Furnham, N. / Silva-Jr, F.P.
リンクSci Rep / PubMed:38238498
手法X線回折
解像度1.25 - 2.8 Å
構造データ

PDB-8pdd:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni at 1.25A resolution.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.25 Å

PDB-8pl0:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 1.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-8pl1:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 2.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.46 Å

PDB-8pl2:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 3.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.88 Å

PDB-8pl3:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 4.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.65 Å

PDB-8pl4:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 5.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.97 Å

PDB-8pl5:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 6.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.15 Å

PDB-8pl6:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 7.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.81 Å

PDB-8pl7:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 8.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.77 Å

PDB-8pl8:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 9.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.35 Å

PDB-8pl9:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 10.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.98 Å

PDB-8pla:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 11.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.66 Å

PDB-8plb:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 12.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å

PDB-8plc:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 13.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.34 Å

PDB-8pld:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 14.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

PDB-8ple:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 15.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.94 Å

PDB-8plf:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 16.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-8plg:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 17.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-8plh:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 18.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.62 Å

PDB-8pli:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 19.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.33 Å

PDB-8plj:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 20.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.18 Å

PDB-8plk:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 21.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.82 Å

PDB-8pll:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 22.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

PDB-8plm:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 23.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-8pln:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 24.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-8plo:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 25.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.74 Å

PDB-8plp:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 26.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.28 Å

PDB-8plq:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 27.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.29 Å

PDB-8plr:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 28.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.72 Å

PDB-8pls:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 29.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-8plt:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 30.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.33 Å

PDB-8plu:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 31.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.04 Å

PDB-8plv:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 32.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.46 Å

PDB-8plw:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 33.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.78 Å

PDB-8plx:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 34.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.77 Å

PDB-8ply:
Thioredoxin glutathione reductase of Schistosoma mansoni fragment screen hit 35.
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.43 Å

化合物

ChemComp-FAD:
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD / FAD*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-I8G:
2-(4-fluorophenoxy)-1-(pyrrolidin-1-yl)ethan-1-one

ChemComp-UVS:
5-(methoxymethyl)-1,3,4-thiadiazol-2-amine

ChemComp-ZMT:
~{N}-(1-propyl-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)thiophene-2-carboxamide

ChemComp-ZMI:
~{N}'-(2-fluorophenyl)-5-methyl-1,2-oxazole-3-carbohydrazide

ChemComp-ZMC:
~{N}-(1,3-benzodioxol-5-ylmethyl)-1-pyridin-4-yl-methanamine

ChemComp-ZM8:
1-[4-(cyclopropylamino)piperidin-1-yl]ethanone

ChemComp-ZLX:
methyl (2~{S},4~{S})-1-(furan-2-ylcarbonyl)-4-oxidanyl-pyrrolidine-2-carboxylate

ChemComp-ZLT:
~{N}-morpholin-4-ylcarbothioylfuran-2-carboxamide

ChemComp-ZLO:
~{N}-(3-methylsulfanyl-1,2,4-thiadiazol-5-yl)ethanamide

ChemComp-O3D:
4-[(furan-2-yl)methyl]-1lambda~6~,4-thiazinane-1,1-dione

ChemComp-ZLI:
~{N}-[(4-methylphenyl)methyl]-2-thiophen-2-yl-ethanamide

ChemComp-VWY:
N-ethyl-4-[(methylsulfonyl)amino]benzamide

ChemComp-A7N:
(1~{R})-1-(4-ethoxyphenyl)ethanamine

ChemComp-T9Q:
N-Benzyl-2-methoxyacetamide / N-ベンジル-2-メトキシアセトアミド

ChemComp-VZS:
N-(2-methoxy-5-methylphenyl)-N'-4H-1,2,4-triazol-4-ylurea

ChemComp-NZ1:
5-methoxy-1,3-benzothiazol-2-amine / 5-メトキシベンゾチアゾ-ル-2-アミン

ChemComp-YI6:
2-(4-ethoxyphenyl)ethanoic acid / 4-エトキシフェニル酢酸

ChemComp-GVY:
4-(5-amino-1,3,4-thiadiazol-2-yl)phenol

ChemComp-WZY:
N-(4-methoxyphenyl)glycinamide

ChemComp-ZP8:
1-(2-cyanoethanoyl)piperidine-4-carboxamide

ChemComp-JO1:
1-methyl-N-[(thiophen-2-yl)methyl]-1H-pyrazole-5-carboxamide

ChemComp-AYV:
1-[2-methyl-1,3-bis(oxidanyl)propan-2-yl]-3-phenyl-urea

ChemComp-JJ7:
1-{4-[(2-methoxyethyl)amino]piperidin-1-yl}ethan-1-one

ChemComp-ZPI:
6,7,8,9-tetrahydro-5~{H}-carbazole-1-carbonitrile

ChemComp-WLY:
2-(4-methylphenyl)-N-{[(2S)-oxolan-2-yl]methyl}acetamide

ChemComp-WO1:
(3R)-1-methylpiperidin-3-yl furan-2-carboxylate

ChemComp-TEK:
~{N}-(1-ethylbenzimidazol-2-yl)ethanamide

ChemComp-MJ4:
(2R)-1-{[(5-methylthiophen-2-yl)methyl]amino}propan-2-ol

ChemComp-B0M:
1~{H}-indol-6-yl-(4-methylpiperazin-1-yl)methanone

ChemComp-NVD:
N-{[4-(dimethylamino)phenyl]methyl}-4H-1,2,4-triazol-4-amine

ChemComp-ZPU:
4-propan-2-yl-~{N}-pyridin-2-yl-benzamide

ChemComp-UXG:
1-(diphenylmethyl)azetidin-3-ol / 1-ベンズヒドリルアゼチジン-3-オ-ル

ChemComp-Q4L:
methyl 4-(4-fluorophenyl)piperazine-1-carboxylate

ChemComp-O1M:
4-(4-fluorophenyl)piperazine-1-carboxamide

ChemComp-JKG:
4-({[(thiophen-2-yl)methyl]amino}methyl)phenol

由来
  • schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)
キーワードFLAVOPROTEIN / Bi-functional / Oxidoreductase / Homodimer

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る