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タイトルStoichiometry and architecture of the human pyruvate dehydrogenase complex.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 10, Issue 29, Page eadn4582, Year 2024
掲載日2024年7月19日
著者Rafal Zdanowicz / Pavel Afanasyev / Adam Pruška / Julian A Harrison / Christoph Giese / Daniel Boehringer / Alexander Leitner / Renato Zenobi / Rudi Glockshuber /
PubMed 要旨The pyruvate dehydrogenase complex (PDHc) is a key megaenzyme linking glycolysis with the citric acid cycle. In mammalian PDHc, dihydrolipoamide acetyltransferase (E2) and the dihydrolipoamide ...The pyruvate dehydrogenase complex (PDHc) is a key megaenzyme linking glycolysis with the citric acid cycle. In mammalian PDHc, dihydrolipoamide acetyltransferase (E2) and the dihydrolipoamide dehydrogenase-binding protein (E3BP) form a 60-subunit core that associates with the peripheral subunits pyruvate dehydrogenase (E1) and dihydrolipoamide dehydrogenase (E3). The structure and stoichiometry of the fully assembled, mammalian PDHc or its core remained elusive. Here, we demonstrate that the human PDHc core is formed by 48 E2 copies that bind 48 E1 heterotetramers and 12 E3BP copies that bind 12 E3 homodimers. Cryo-electron microscopy, together with native and cross-linking mass spectrometry, confirmed a core model in which 8 E2 homotrimers and 12 E2-E2-E3BP heterotrimers assemble into a pseudoicosahedral particle such that the 12 E3BP molecules form six E3BP-E3BP intertrimer interfaces distributed tetrahedrally within the 60-subunit core. The even distribution of E3 subunits in the peripheral shell of PDHc guarantees maximum enzymatic activity of the megaenzyme.
リンクSci Adv / PubMed:39018392 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.7 Å
構造データ

17691

8piu

EMDB-17691: 60-meric complex of dihydrolipoamide acetyltransferase (E2) of the human pyruvate dehydrogenase complex (icosahedral symmetry)
PDB-8piu: 60-meric complex of dihydrolipoamide acetyltransferase (E2) of the human pyruvate dehydrogenase complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-17694: 60-meric complex of dihydrolipoamide acetyltransferase (E2) of the human pyruvate dehydrogenase complex (tetrahedral symmetry)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-18616: E2/E3BP core of the human pyruvate dehydrogenase complex (map 1; 3.4 A)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-18617: E2/E3BP core of the human pyruvate dehydrogenase complex (map 2; 3.7 A)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSFERASE / pyruvate dehydrogenase complex / PDHc / E2 / cryo-EM

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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