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タイトルStructural insights into ligand recognition and activation of the medium-chain fatty acid-sensing receptor GPR84.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 3271, Year 2023
掲載日2023年6月6日
著者Heng Liu / Qing Zhang / Xinheng He / Mengting Jiang / Siwei Wang / Xiaoci Yan / Xi Cheng / Yang Liu / Fa-Jun Nan / H Eric Xu / Xin Xie / Wanchao Yin /
PubMed 要旨GPR84 is an orphan class A G protein-coupled receptor (GPCR) that is predominantly expressed in immune cells and plays important roles in inflammation, fibrosis, and metabolism. Here, we present cryo- ...GPR84 is an orphan class A G protein-coupled receptor (GPCR) that is predominantly expressed in immune cells and plays important roles in inflammation, fibrosis, and metabolism. Here, we present cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of Gα protein-coupled human GPR84 bound to a synthetic lipid-mimetic ligand, LY237, or a putative endogenous ligand, a medium-chain fatty acid (MCFA) 3-hydroxy lauric acid (3-OH-C12). Analysis of these two ligand-bound structures reveals a unique hydrophobic nonane tail -contacting patch, which forms a blocking wall to select MCFA-like agonists with the correct length. We also identify the structural features in GPR84 that coordinate the polar ends of LY237 and 3-OH-C12, including the interactions with the positively charged side chain of R172 and the downward movement of the extracellular loop 2 (ECL2). Together with molecular dynamics simulations and functional data, our structures reveal that ECL2 not only contributes to direct ligand binding, but also plays a pivotal role in ligand entry from the extracellular milieu. These insights into the structure and function of GPR84 could improve our understanding of ligand recognition, receptor activation, and Gα-coupling of GPR84. Our structures could also facilitate rational drug discovery against inflammation and metabolic disorders targeting GPR84.
リンクNat Commun / PubMed:37277332 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.89 - 3.24 Å
構造データ

35913

8j18

EMDB-35913, PDB-8j18:
Cryo-EM structure of the 3-OH-C12-bound GPR84 receptor-Gi complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.89 Å

35914

8j19

EMDB-35914, PDB-8j19:
Cryo-EM structure of the LY237-bound GPR84 receptor-Gi complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.23 Å

35915

8j1a

EMDB-35915, PDB-8j1a:
Cryo-EM structure of the GPR84 receptor-Gi complex with no ligand modeled
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.24 Å

化合物

ChemComp-HXD:
(3R)-3-HYDROXYDODECANOIC ACID / (R)-3-ヒドロキシドデカン酸

ChemComp-SWO:
6-nonylpyridine-2,4-diol

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードIMMUNE SYSTEM / GPCR

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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