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タイトルStructures and mechanisms of the Arabidopsis cytokinin transporter AZG1.
ジャーナル・号・ページNat Plants, Vol. 10, Issue 1, Page 180-191, Year 2024
掲載日2024年1月3日
著者Lingyi Xu / Wei Jia / Xin Tao / Fan Ye / Yan Zhang / Zhong Jie Ding / Shao Jian Zheng / Shuai Qiao / Nannan Su / Yu Zhang / Shan Wu / Jiangtao Guo /
PubMed 要旨Cytokinins are essential for plant growth and development, and their tissue distributions are regulated by transmembrane transport. Recent studies have revealed that members of the 'Aza-Guanine ...Cytokinins are essential for plant growth and development, and their tissue distributions are regulated by transmembrane transport. Recent studies have revealed that members of the 'Aza-Guanine Resistant' (AZG) protein family from Arabidopsis thaliana can mediate cytokinin uptake in roots. Here we present 2.7 to 3.3 Å cryo-electron microscopy structures of Arabidopsis AZG1 in the apo state and in complex with its substrates trans-zeatin (tZ), 6-benzyleaminopurine (6-BAP) or kinetin. AZG1 forms a homodimer and each subunit shares a similar topology and domain arrangement with the proteins of the nucleobase/ascorbate transporter (NAT) family. These structures, along with functional analyses, reveal the molecular basis for cytokinin recognition. Comparison of the AZG1 structures determined in inward-facing conformations and predicted by AlphaFold2 in the occluded conformation allowed us to propose that AZG1 may carry cytokinins across the membrane through an elevator mechanism.
リンクNat Plants / PubMed:38172575
手法EM (単粒子)
解像度2.6 - 3.3 Å
構造データ

35678

8irl

EMDB-35678, PDB-8irl:
Apo state of Arabidopsis AZG1 at pH 7.4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

35679

8irm

EMDB-35679, PDB-8irm:
Endogenous substrate adenine bound state of Arabidopsis AZG1 at pH 5.5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

35680

8irn

EMDB-35680, PDB-8irn:
6-BAP bound state of Arabidopsis AZG1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

35681

8iro

EMDB-35681, PDB-8iro:
trans-Zeatin bound state of Arabidopsis AZG1 at pH7.4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

35682

8irp

EMDB-35682, PDB-8irp:
kinetin bound state of Arabidopsis AZG1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

37658

8wmq

EMDB-37658, PDB-8wmq:
trans-Zeatin bound state of Arabidopsis AZG1 at pH5.5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

37681

8wo7

EMDB-37681, PDB-8wo7:
Apo state of Arabidopsis AZG1 T440Y
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-ADE:
ADENINE / アデニン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-EMU:
N-BENZYL-9H-PURIN-6-AMINE / ベンジルアデニン / 阻害剤*YM

ChemComp-ZEA:
(2E)-2-methyl-4-(9H-purin-6-ylamino)but-2-en-1-ol / 6-(4-ヒドロキシ-3-メチル-2-ブテニルアミノ)-9H-プリン

ChemComp-H35:
N-(FURAN-2-YLMETHYL)-7H-PURIN-6-AMINE / カイネチン / ホルモン*YM

由来
  • arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / cytokinin / transporter

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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