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タイトルC-N bond formation by a polyketide synthase.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 1319, Year 2023
掲載日2023年3月10日
著者Jialiang Wang / Xiaojie Wang / Xixi Li / LiangLiang Kong / Zeqian Du / Dandan Li / Lixia Gou / Hao Wu / Wei Cao / Xiaozheng Wang / Shuangjun Lin / Ting Shi / Zixin Deng / Zhijun Wang / Jingdan Liang /
PubMed 要旨Assembly-line polyketide synthases (PKSs) are molecular factories that produce diverse metabolites with wide-ranging biological activities. PKSs usually work by constructing and modifying the ...Assembly-line polyketide synthases (PKSs) are molecular factories that produce diverse metabolites with wide-ranging biological activities. PKSs usually work by constructing and modifying the polyketide backbone successively. Here, we present the cryo-EM structure of CalA3, a chain release PKS module without an ACP domain, and its structures with amidation or hydrolysis products. The domain organization reveals a unique "∞"-shaped dimeric architecture with five connected domains. The catalytic region tightly contacts the structural region, resulting in two stabilized chambers with nearly perfect symmetry while the N-terminal docking domain is flexible. The structures of the ketosynthase (KS) domain illustrate how the conserved key residues that canonically catalyze C-C bond formation can be tweaked to mediate C-N bond formation, revealing the engineering adaptability of assembly-line polyketide synthases for the production of novel pharmaceutical agents.
リンクNat Commun / PubMed:36899013 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.38 - 4.55 Å
構造データ

32863

7wvz

EMDB-32863, PDB-7wvz:
CalA3_modular PKS_KS-AT-DH-KR
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.38 Å

EMDB-32864: Structure of an assembly-line polyketide synthase module with typical docking domain position
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.55 Å

35188

8i4y

EMDB-35188, PDB-8i4y:
CalA3 complex structure with amidation product
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.84 Å

35189

8i4z

EMDB-35189, PDB-8i4z:
CalA3 with hydrolysis product
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.97 Å

化合物

ChemComp-ONF:
11-oxidanylidene-11-(1~{H}-pyrrol-2-yl)undecanoic acid

ChemComp-3HA:
3-HYDROXYANTHRANILIC ACID / 3-ヒドロキシアントラニル酸

由来
  • Streptomyces chartreusis NRRL 3882cha (バクテリア)
  • streptomyces chartreusis nrrl 3882 (バクテリア)
キーワードTRANSFERASE / megaenzyme / HYDROLASE / polyketide synthase / BIOSYNTHETIC PROTEIN

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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