[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルDosing interval regimen shapes potency and breadth of antibody repertoire after vaccination of SARS-CoV-2 RBD protein subunit vaccine.
ジャーナル・号・ページCell Discov, Vol. 9, Issue 1, Page 79, Year 2023
掲載日2023年7月28日
著者Shuxin Guo / Yuxuan Zheng / Zhengrong Gao / Minrun Duan / Sheng Liu / Pan Du / XiaoYu Xu / Kun Xu / Xin Zhao / Yan Chai / Peiyi Wang / Qi Zhao / George F Gao / Lianpan Dai /
PubMed 要旨Vaccination with different vaccines has been implemented globally to counter the continuous COVID-19 pandemic. However, the vaccine-elicited antibodies have reduced efficiency against the highly ...Vaccination with different vaccines has been implemented globally to counter the continuous COVID-19 pandemic. However, the vaccine-elicited antibodies have reduced efficiency against the highly mutated Omicron sub-variants. Previously, we developed a protein subunit COVID-19 vaccine called ZF2001, based on the dimeric receptor-binding domain (RBD). This vaccine has been administered using different dosing intervals in real-world setting. Some individuals received three doses of ZF2001, with a one-month interval between each dose, due to urgent clinical requirements. Others had an extended dosing interval of up to five months between the second and third dose, a standard vaccination regimen for the protein subunit vaccine against hepatitis B. In this study, we profile B cell responses in individuals who received three doses of ZF2001, and compared those with long or short dosing intervals. We observed that the long-interval group exhibited higher and broader serologic antibody responses. These responses were associated with the increased size and evolution of vaccine-elicited B-cell receptor repertoires, characterized by the elevation of expanded clonotypes and somatic hypermutations. Both groups of individuals generated substantial amounts of broadly neutralizing antibodies (bnAbs) against various SARS-CoV-2 variants, including Omicron sub-variants such as XBB. These bnAbs target four antigenic sites within the RBD. To determine the vulnerable site of SARS-CoV-2, we employed cryo-electron microscopy to identify the epitopes of highly potent bnAbs that targeted two major sites. Our findings provide immunological insights into the B cell responses elicited by RBD-based vaccine, and suggest that a vaccination regimen of prolonging time interval should be used in practice.
リンクCell Discov / PubMed:37507370 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.34 - 2.85 Å
構造データ

34928

8hp9

EMDB-34928, PDB-8hp9:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 S-trimer in complex with fab L4.65 and L5.34
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.75 Å

34931

8hpf

EMDB-34931, PDB-8hpf:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.2 RBD in complex with fab L4.65 and L5.34
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.34 Å

34940

8hpq

EMDB-34940, PDB-8hpq:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.4 S-trimer in complex with fab L4.65 and L5.34
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

34944

8hpu

EMDB-34944, PDB-8hpu:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron BA.4 RBD in complex with fab L4.65 and L5.34
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.56 Å

34945

8hpv

EMDB-34945, PDB-8hpv:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron Prototype S-trimer in complex with fab L4.65 and L5.34
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.65 Å

34946

8hq7

EMDB-34946, PDB-8hq7:
Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron Prototype RBD in complex with fab L4.65 and L5.34
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードIMMUNE SYSTEM/VIRAL PROTEIN / SARS-CoV-2 / Omicron BA.2 S-trimer / Cryo-EM structure / fab / IMMUNE SYSTEM-VIRAL PROTEIN complex / Omicron BA.2 RBD / Omicron BA.4 S-trimer / Omicron BA.4 RBD / Omicron Prototype S-trimer / Omicron Prototype RBD

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る