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タイトルMechanism of an RBM-targeted rabbit monoclonal antibody 9H1 neutralizing SARS-CoV-2.
ジャーナル・号・ページBiochem Biophys Res Commun, Vol. 660, Page 43-49, Year 2023
掲載日2023年4月5日
著者Xiaoyu Chu / Xinyu Ding / Yixuan Yang / Yuchi Lu / Tinghan Li / Yan Gao / Le Zheng / Hang Xiao / Tingting Yang / Hao Cheng / Haibin Huang / Yang Liu / Yang Lou / Chao Wu / Yuxin Chen / Haitao Yang / Xiaoyun Ji / Hangtian Guo /
PubMed 要旨The COVID-19 pandemic, caused by SARS-CoV-2, has led to over 750 million infections and 6.8 million deaths worldwide since late 2019. Due to the continuous evolution of SARS-CoV-2, many significant ...The COVID-19 pandemic, caused by SARS-CoV-2, has led to over 750 million infections and 6.8 million deaths worldwide since late 2019. Due to the continuous evolution of SARS-CoV-2, many significant variants have emerged, creating ongoing challenges to the prevention and treatment of the pandemic. Therefore, the study of antibody responses against SARS-CoV-2 is essential for the development of vaccines and therapeutics. Here we perform single particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure determination of a rabbit monoclonal antibody (RmAb) 9H1 in complex with the SARS-CoV-2 wild-type (WT) spike trimer. Our structural analysis shows that 9H1 interacts with the receptor-binding motif (RBM) region of the receptor-binding domain (RBD) on the spike protein and by directly competing with angiotensin-converting enzyme 2 (ACE2), it blocks the binding of the virus to the receptor and achieves neutralization. Our findings suggest that utilizing rabbit-derived mAbs provides valuable insights into the molecular interactions between neutralizing antibodies and spike proteins and may also facilitate the development of therapeutic antibodies and expand the antibody library.
リンクBiochem Biophys Res Commun / PubMed:37062240 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.5 - 3.59 Å
構造データ

34686

8heb

EMDB-34686, PDB-8heb:
SARS-CoV-2 Spike trimer in complex with RmAb 9H1 Fab in the class 1 conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.53 Å

34687

8hec

EMDB-34687, PDB-8hec:
SARS-CoV-2 Spike trimer in complex with RmAb 9H1 Fab in the class 2 conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

34688

8hed

EMDB-34688, PDB-8hed:
Local refinement of the SARS-CoV-2 Spike trimer in complex with RmAb 9H1 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.59 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • oryctolagus cuniculus (ウサギ)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM COMPLEX

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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