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タイトルDiscovery and characterization of potent pan-variant SARS-CoV-2 neutralizing antibodies from individuals with Omicron breakthrough infection.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 3537, Year 2023
掲載日2023年6月15日
著者Yu Guo / Guangshun Zhang / Qi Yang / Xiaowei Xie / Yang Lu / Xuelian Cheng / Hui Wang / Jingxi Liang / Jielin Tang / Yuxin Gao / Hang Shang / Jun Dai / Yongxia Shi / Jiaxi Zhou / Jun Zhou / Hangtian Guo / Haitao Yang / Jianwei Qi / Lijun Liu / Shihui Ma / Biao Zhang / Qianyu Huo / Yi Xie / Junping Wu / Fang Dong / Song Zhang / Zhiyong Lou / Yan Gao / Zidan Song / Wenming Wang / Zixian Sun / Xiaoming Yang / Dongsheng Xiong / Fengjiang Liu / Xinwen Chen / Ping Zhu / Ximo Wang / Tao Cheng / Zihe Rao /
PubMed 要旨The SARS-CoV-2 Omicron variant evades most currently approved neutralizing antibodies (nAbs) and caused drastic decrease of plasma neutralizing activity elicited by vaccination or prior infection, ...The SARS-CoV-2 Omicron variant evades most currently approved neutralizing antibodies (nAbs) and caused drastic decrease of plasma neutralizing activity elicited by vaccination or prior infection, urging the need for the development of pan-variant antivirals. Breakthrough infection induces a hybrid immunological response with potentially broad, potent and durable protection against variants, therefore, convalescent plasma from breakthrough infection may provide a broadened repertoire for identifying elite nAbs. We performed single-cell RNA sequencing (scRNA-seq) and BCR sequencing (scBCR-seq) of B cells from BA.1 breakthrough-infected patients who received 2 or 3 previous doses of inactivated vaccine. Elite nAbs, mainly derived from the IGHV2-5 and IGHV3-66/53 germlines, showed potent neutralizing activity across Wuhan-Hu-1, Delta, Omicron sublineages BA.1 and BA.2 at picomolar NT values. Cryo-EM analysis revealed diverse modes of spike recognition and guides the design of cocktail therapy. A single injection of paired antibodies cocktail provided potent protection in the K18-hACE2 transgenic female mouse model of SARS-CoV-2 infection.
リンクNat Commun / PubMed:37322000 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.51 - 3.8 Å
構造データ

34124

7yve

EMDB-34124, PDB-7yve:
Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S in complex with TH027 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

34125

7yvf

EMDB-34125, PDB-7yvf:
Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S RBD in complex with TH027 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

34126

7yvg

EMDB-34126, PDB-7yvg:
Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S in complex with TH132 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

34127

7yvh

EMDB-34127, PDB-7yvh:
Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S RBD in complex with TH132 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

34128

7yvi

EMDB-34128, PDB-7yvi:
Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S in complex with TH236 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

34129

7yvj

EMDB-34129, PDB-7yvj:
Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S RBD in complex with TH236 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

34130

7yvk

EMDB-34130, PDB-7yvk:
Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S in complex with TH272 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

34131

7yvl

EMDB-34131, PDB-7yvl:
Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S RBD in complex with TH272 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

34132

7yvm

EMDB-34132, PDB-7yvm:
Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S RBD in complex with TH272 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

34133

7yvn

EMDB-34133, PDB-7yvn:
Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S in complex with TH281 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

34134

7yvo

EMDB-34134, PDB-7yvo:
Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S in complex with TH027/132 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

34135

7yvp

EMDB-34135, PDB-7yvp:
Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S in complex with TH272/281 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

34181

8gou

EMDB-34181, PDB-8gou:
Omicron BA.4/5 SARS-CoV-2 S in complex with TH003 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

PDB-8gpy:
Crystal structure of Omicron BA.4/5 RBD in complex with a neutralizing antibody scFv
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.51 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN/ANTIVIRAL PROTEIN / COVID-19 / spike glycoprotein / virus / VIRAL PROTEIN / VIRAL PROTEIN-ANTIVIRAL PROTEIN complex / ANTIVIRAL PROTEIN/VIRAL PROTEIN / ANTIVIRAL PROTEIN-VIRAL PROTEIN complex / Omicron / crystal strcture / neutralizing antibody / scFV

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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