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タイトルStructural characterisation of the complete cycle of sliding clamp loading in Escherichia coli.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 8372, Year 2024
掲載日2024年9月27日
著者Zhi-Qiang Xu / Slobodan Jergic / Allen T Y Lo / Alok C Pradhan / Simon H J Brown / James C Bouwer / Harshad Ghodke / Peter J Lewis / Gökhan Tolun / Aaron J Oakley / Nicholas E Dixon /
PubMed 要旨Ring-shaped DNA sliding clamps are essential for DNA replication and genome maintenance. Clamps need to be opened and chaperoned onto DNA by clamp loader complexes (CLCs). Detailed understanding of ...Ring-shaped DNA sliding clamps are essential for DNA replication and genome maintenance. Clamps need to be opened and chaperoned onto DNA by clamp loader complexes (CLCs). Detailed understanding of the mechanisms by which CLCs open and place clamps around DNA remains incomplete. Here, we present a series of six structures of the Escherichia coli CLC bound to an open or closed clamp prior to and after binding to a primer-template DNA, representing the most significant intermediates in the clamp loading process. We show that the ATP-bound CLC first binds to a clamp, then constricts to hold onto it. The CLC then expands to open the clamp with a gap large enough for double-stranded DNA to enter. Upon binding to DNA, the CLC constricts slightly, allowing clamp closing around DNA. These structures provide critical high-resolution snapshots of clamp loading by the E. coli CLC, revealing how the molecular machine works.
リンクNat Commun / PubMed:39333521 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.6 - 3.7 Å
構造データ

40079

8giy

EMDB-40079, PDB-8giy:
E. coli clamp loader with closed clamp
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

40080

8giz

EMDB-40080, PDB-8giz:
E. coli clamp loader with open clamp
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

40081

8gj0

EMDB-40081, PDB-8gj0:
E. coli clamp loader with open clamp on primed template DNA (form 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

40082

8gj1

EMDB-40082, PDB-8gj1:
E. coli clamp loader with open clamp on primed template DNA (form 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

40083

8gj2

EMDB-40083, PDB-8gj2:
E. coli clamp loader with closed clamp on primed template DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

40084

8gj3

EMDB-40084, PDB-8gj3:
E. coli clamp loader on primed template DNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

化合物

ChemComp-AGS:
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-γ-S / ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-ALF:
TETRAFLUOROALUMINATE ION / テトラフルオロアルミナ-ト

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / clamp loader / DNA clamp / AAA+ / ATPase / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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