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タイトルA structural dendrogram of the actinobacteriophage major capsid proteins provides important structural insights into the evolution of capsid stability.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 31, Issue 3, Page 282-294.e5, Year 2023
掲載日2023年3月2日
著者Jennifer M Podgorski / Krista Freeman / Sophia Gosselin / Alexis Huet / James F Conway / Mary Bird / John Grecco / Shreya Patel / Deborah Jacobs-Sera / Graham Hatfull / Johann Peter Gogarten / Janne Ravantti / Simon J White /
PubMed 要旨Many double-stranded DNA viruses, including tailed bacteriophages (phages) and herpesviruses, use the HK97-fold in their major capsid protein to make the capsomers of the icosahedral viral capsid. ...Many double-stranded DNA viruses, including tailed bacteriophages (phages) and herpesviruses, use the HK97-fold in their major capsid protein to make the capsomers of the icosahedral viral capsid. After the genome packaging at near-crystalline densities, the capsid is subjected to a major expansion and stabilization step that allows it to withstand environmental stresses and internal high pressure. Several different mechanisms for stabilizing the capsid have been structurally characterized, but how these mechanisms have evolved is still not understood. Using cryo-EM structure determination of 10 capsids, structural comparisons, phylogenetic analyses, and Alphafold predictions, we have constructed a detailed structural dendrogram describing the evolution of capsid structural stability within the actinobacteriophages. We show that the actinobacteriophage major capsid proteins can be classified into 15 groups based upon their HK97-fold.
リンクStructure / PubMed:36649709 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.2 - 4.0 Å
構造データ

27824

8e16

EMDB-27824, PDB-8e16:
Mycobacterium phage Che8
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

27992

8eb4

EMDB-27992, PDB-8eb4:
Gordonia phage Ziko
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

28012

8ec2

EMDB-28012, PDB-8ec2:
Mycobacterium phage Adephagia
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

28015

8ec8

EMDB-28015, PDB-8ec8:
Mycobacterium phage Bobi
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

28016

8eci

EMDB-28016, PDB-8eci:
Arthrobacter phage Bridgette
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

28017

8ecj

EMDB-28017, PDB-8ecj:
Mycobacterium phage Cain
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

28018

8eck

EMDB-28018, PDB-8eck:
Gordonia phage Cozz
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

28020

8ecn

EMDB-28020, PDB-8ecn:
Mycobacterium phage Ogopogo
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

28021

8eco

EMDB-28021, PDB-8eco:
Microbacterium phage Oxtober96
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.2 Å

28039

8edu

EMDB-28039, PDB-8edu:
Mycobacteriophage Muddy capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

由来
  • mycobacterium virus che8 (ウイルス)
  • gordonia phage ziko (ファージ)
  • mycobacterium phage adephagia (ファージ)
  • mycobacterium phage bobi (ファージ)
  • arthrobacter phage bridgette (ファージ)
  • mycobacterium phage cain (ファージ)
  • gordonia phage cozz (ファージ)
  • mycobacterium phage ogopogo (ファージ)
  • microbacterium phage oxtober96 (ファージ)
  • mycobacterium phage muddy (ファージ)
キーワードVIRUS (ウイルス) / HK97-fold / T=9 / tailed bacteriophage (カウドウイルス) / T=7 / Bacteriophage (ファージ) / Mycobacteriophage / Capsid (カプシド)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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