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タイトルStructural insights into assembly and function of GluN1-2C, GluN1-2A-2C, and GluN1-2D NMDARs.
ジャーナル・号・ページMol Cell, Vol. 82, Issue 23, Page 4548-44563.e4, Year 2022
掲載日2022年12月1日
著者Tsung-Han Chou / Hyunook Kang / Noriko Simorowski / Stephen F Traynelis / Hiro Furukawa /
PubMed 要旨Neurotransmission mediated by diverse subtypes of N-methyl-D-aspartate receptors (NMDARs) is fundamental for basic brain functions and development as well as neuropsychiatric diseases and disorders. ...Neurotransmission mediated by diverse subtypes of N-methyl-D-aspartate receptors (NMDARs) is fundamental for basic brain functions and development as well as neuropsychiatric diseases and disorders. NMDARs are glycine- and glutamate-gated ion channels that exist as heterotetramers composed of obligatory GluN1 and GluN2(A-D) and/or GluN3(A-B). The GluN2C and GluN2D subunits form ion channels with distinct properties and spatio-temporal expression patterns. Here, we provide the structures of the agonist-bound human GluN1-2C NMDAR in the presence and absence of the GluN2C-selective positive allosteric potentiator (PAM), PYD-106, the agonist-bound GluN1-2A-2C tri-heteromeric NMDAR, and agonist-bound GluN1-2D NMDARs by single-particle electron cryomicroscopy. Our analysis shows unique inter-subunit and domain arrangements of the GluN2C NMDARs, which contribute to functional regulation and formation of the PAM binding pocket and is distinct from GluN2D NMDARs. Our findings here provide the fundamental blueprint to study GluN2C- and GluN2D-containing NMDARs, which are uniquely involved in neuropsychiatric disorders.
リンクMol Cell / PubMed:36309015 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.26 - 4.24 Å
構造データ

EMDB-27953, PDB-8e92:
D-cycloserine and glutamate bound Human GluN1a-GluN2C NMDA receptor in intact conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.96 Å

EMDB-27954, PDB-8e93:
D-cycloserine and glutamate bound Human GluN1a-GluN2C NMDA receptor in splayed conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.71 Å

EMDB-27955, PDB-8e94:
PYD-106-bound Human GluN1a-GluN2C NMDA receptor in intact conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.72 Å

EMDB-27957, PDB-8e96:
Glycine and glutamate bound Human GluN1a-GluN2D NMDA receptor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.38 Å

EMDB-27958, PDB-8e97:
PYD-106-bound Human GluN1a-GluN2C NMDA receptor in splayed conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.19 Å

EMDB-27959, PDB-8e98:
D-cycloserine and glutamate bound Human GluN1a-GluN2C NMDA receptor in nanodisc - intact conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.75 Å

EMDB-27960: D-cycloserine and glutamate bound Human GluN1a-GluN2C NMDA receptor in nanodisc - splayed conformation
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.28 Å

EMDB-27961, PDB-8e99:
Human GluN1a-GluN2A-GluN2C triheteromeric NMDA receptor in complex with Nb-4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.24 Å

EMDB-28051: Local refined map of the LBD region of Human GluN1a-GluN2D NMDA receptor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.26 Å

EMDB-28052: Local refined map of ATD region of GluN1a-2D complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

EMDB-28053: Local refined map of the TMD region of Human GluN1a-GluN2D NMDA receptor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.92 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-IWB:
methyl 4-[(2~{R})-3-ethanoyl-1-[2-(2-methyl-1~{H}-indol-3-yl)ethyl]-4-oxidanyl-5-oxidanylidene-2~{H}-pyrrol-2-yl]benzoate

ChemComp-GLY:
GLYCINE / グリシン

ChemComp-GLU:
GLUTAMIC ACID / グルタミン酸

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • lama glama (ラマ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Ligand-gated ion channel / ionotropic glutamate receptor / synaptic protein / voltage-gate ion channel / TRANSPORT PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / TRANSPORT PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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