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Structure paper

タイトルStructural snapshots of base excision by the cancer-associated variant MutY N146S reveal a retaining mechanism.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res., Vol. 51, Page 1034-1049, Year 2023
掲載日2022年7月29日 (構造データの登録日)
著者Demir, M. / Russelburg, L.P. / Lin, W.J. / Trasvina-Arenas, C.H. / Huang, B. / Yuen, P.K. / Horvath, M.P. / David, S.S.
リンクNucleic Acids Res. / PubMed:36631987
手法X線回折
解像度1.54 - 2.49 Å
構造データ

PDB-8dvp:
Glycosylase MutY variant N146S in complex with DNA containing d(8-oxo-G) paired with substrate purine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.54 Å

PDB-8dvy:
DNA glycosylase MutY variant N146S in complex with DNA containing d(8-oxo-G) paired with an enzyme-generated abasic site product (AP) and crystalized with calcium acetate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.36 Å

PDB-8dw0:
Glycosylase MutY variant N146S in complex with DNA containing d(8-oxo-G) paired with an enzyme-generated abasic site (AP) product and crystallized with sodium acetate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.68 Å

PDB-8dw4:
Glycosylase MutY variant N146S in complex with DNA containing d(8-oxo-G) paired with an abasic site product (AP) generated by the enzyme in crystals by removal of calcium
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.49 Å

PDB-8dw7:
DNA glycosylase MutY variant N146S in complex with DNA containing the transition state analog 1N paired with d(8-oxo-G)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.96 Å

化合物

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

ChemComp-ACT:
ACETATE ION / 酢酸イオン

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-TRS:
2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / pH緩衝剤*YM

由来
  • geobacillus stearothermophilus (バクテリア)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードHYDROLASE/DNA / Protein-DNA complex / DNA repair / Base Excision Repair / HYDROLASE / HYDROLASE-DNA complex / Apurinic/Apyrimidinic / transition state

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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