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タイトルStructures of the interleukin 11 signalling complex reveal gp130 dynamics and the inhibitory mechanism of a cytokine variant.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 7543, Year 2023
掲載日2023年11月20日
著者Riley D Metcalfe / Eric Hanssen / Ka Yee Fung / Kaheina Aizel / Clara C Kosasih / Courtney O Zlatic / Larissa Doughty / Craig J Morton / Andrew P Leis / Michael W Parker / Paul R Gooley / Tracy L Putoczki / Michael D W Griffin /
PubMed 要旨Interleukin (IL-)11, an IL-6 family cytokine, has pivotal roles in autoimmune diseases, fibrotic complications, and solid cancers. Despite intense therapeutic targeting efforts, structural ...Interleukin (IL-)11, an IL-6 family cytokine, has pivotal roles in autoimmune diseases, fibrotic complications, and solid cancers. Despite intense therapeutic targeting efforts, structural understanding of IL-11 signalling and mechanistic insights into current inhibitors are lacking. Here we present cryo-EM and crystal structures of the human IL-11 signalling complex, including the complex containing the complete extracellular domains of the shared IL-6 family β-receptor, gp130. We show that complex formation requires conformational reorganisation of IL-11 and that the membrane-proximal domains of gp130 are dynamic. We demonstrate that the cytokine mutant, IL-11 Mutein, competitively inhibits signalling in human cell lines. Structural shifts in IL-11 Mutein underlie inhibition by altering cytokine binding interactions at all three receptor-engaging sites and abrogating the final gp130 binding step. Our results reveal the structural basis of IL-11 signalling, define the molecular mechanisms of an inhibitor, and advance understanding of gp130-containing receptor complexes, with potential applications in therapeutic development.
リンクNat Commun / PubMed:37985757 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.48 - 4.0 Å
構造データ

27641

8dps

EMDB-27641, PDB-8dps:
The structure of the interleukin 11 signalling complex, truncated gp130
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.47 Å

27642

8dpt

EMDB-27642, PDB-8dpt:
The structure of the IL-11 signalling complex, with full-length extracellular gp130
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

PDB-8dpu:
The crystal structure of the IL-11 signalling complex
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.78 Å

PDB-8dpv:
The crystal structure of Interleukin-11, W147A mutant
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.48 Å

PDB-8dpw:
The structure of Interleukin-11 Mutein
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードCYTOKINE / complex / IL-6 family cytokine / gp130 / glycoprotein 130 / glycoprotein / signalling / cancer / CYTOKINE-RECEPTOR complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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