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タイトルAsymmetric gating of a human hetero-pentameric glycine receptor.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Issue 1, Page 6377, Year 2023
掲載日2023年10月11日
著者Xiaofen Liu / Weiwei Wang /
PubMed 要旨Hetero-pentameric Cys-loop receptors constitute a major type of neurotransmitter receptors that enable signal transmission and processing in the nervous system. Despite intense investigations into ...Hetero-pentameric Cys-loop receptors constitute a major type of neurotransmitter receptors that enable signal transmission and processing in the nervous system. Despite intense investigations into their working mechanism and pharmaceutical potentials, how neurotransmitters activate these receptors remains unclear due to the lack of high-resolution structural information in the activated open state. Here we report near-atomic resolution structures resolved in digitonin consistent with all principle functional states of the human α1β GlyR, which is a major Cys-loop receptor that mediates inhibitory neurotransmission in the central nervous system of adults. Glycine binding induces cooperative and symmetric structural rearrangements in the neurotransmitter-binding extracellular domain but asymmetrical pore dilation in the transmembrane domain. Symmetric response in the extracellular domain is consistent with electrophysiological data showing cooperative glycine activation and contribution from both α1 and β subunits. A set of functionally essential but differentially charged amino acid residues in the transmembrane domain of the α1 and β subunits explains asymmetric activation. These findings provide a foundation for understanding how the gating of the Cys-loop receptor family members diverges to accommodate specific physiological environments.
リンクNat Commun / PubMed:37821459 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.55 - 4.1 Å
構造データ

27552

8dn2

EMDB-27552, PDB-8dn2:
Cryo-EM structure of human Glycine Receptor alpha1-beta heteromer, glycine-bound state 2(expanded open)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

27553

8dn3

EMDB-27553, PDB-8dn3:
Cryo-EM structure of human Glycine Receptor alpha1-beta heteromer, apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.55 Å

27554

8dn4

EMDB-27554, PDB-8dn4:
Cryo-EM structure of human Glycine Receptor alpha-1 beta heteromer, glycine-bound state3(desensitized state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

27555

8dn5

EMDB-27555, PDB-8dn5:
Cryo-EM structure of human Glycine Receptor alpha1-beta heteromer, glycine-bound state1(open state)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.63 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-HEX:
HEXANE / ヘキサン

ChemComp-HP6:
HEPTANE / ヘプタン-1,1,1-トリイルラジカル

ChemComp-UND:
UNDECANE / ウンデカン

ChemComp-OCT:
N-OCTANE / オクタン

ChemComp-GLY:
GLYCINE / グリシン

ChemComp-DD9:
nonane / ノナン

ChemComp-NBU:
N-BUTANE / ブタン

ChemComp-D10:
DECANE / デカン

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-LNK:
PENTANE / ペンタン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • aequorea victoria (オワンクラゲ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / glycine receptor subunit alpha-1 / glycine receptor subunit beta / Green fluorescent protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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