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タイトルChanges within the central stalk of E. coli FF ATP synthase observed after addition of ATP.
ジャーナル・号・ページCommun Biol, Vol. 6, Issue 1, Page 26, Year 2023
掲載日2023年1月11日
著者Meghna Sobti / Yi C Zeng / James L Walshe / Simon H J Brown / Robert Ishmukhametov / Alastair G Stewart /
PubMed 要旨FF ATP synthase functions as a biological generator and makes a major contribution to cellular energy production. Proton flow generates rotation in the F motor that is transferred to the F motor to ...FF ATP synthase functions as a biological generator and makes a major contribution to cellular energy production. Proton flow generates rotation in the F motor that is transferred to the F motor to catalyze ATP production, with flexible F/F coupling required for efficient catalysis. FF ATP synthase can also operate in reverse, hydrolyzing ATP and pumping protons, and in bacteria this function can be regulated by an inhibitory ε subunit. Here we present cryo-EM data showing E. coli FF ATP synthase in different rotational and inhibited sub-states, observed following incubation with 10 mM MgATP. Our structures demonstrate how structural transitions within the inhibitory ε subunit induce torsional movement in the central stalk, thereby enabling its rotation within the F motor. This highlights the importance of the central rotor for flexible coupling of the F and F motors and provides further insight into the regulatory mechanism mediated by subunit ε.
リンクCommun Biol / PubMed:36631659 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 7.8 Å
構造データ

EMDB-27296: E. coli ATP synthase imaged in 10mM MgATP State1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-27297, PDB-8dbp:
E. coli ATP synthase imaged in 10mM MgATP State1 "half-up
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-27298: E.coli ATP synthase imaged in 10mM MgATP State1 "half-up" Fo classified
PDB-8dbq: E. coli ATP synthase imaged in 10mM MgATP State1 "half-up" Fo classified
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-27299: E. coli ATP synthase imaged in 10mM MgATP State 1 "half-up" Fo refine
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.4 Å

EMDB-27300: E. coli ATP synthase imaged in 10mM MgATP State1 "down"
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.2 Å

EMDB-27301: E. coli ATP synthase imaged in 10mM MgATP State 1 "down" Fo classified
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.8 Å

EMDB-27302: E. coli ATP synthase imaged in 10mM MgATP State2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-27303, PDB-8dbr:
E. coli ATP synthase imaged in 10mM MgATP State2 "half-up
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-27304, PDB-8dbs:
E. coli ATP synthase imaged in 10mM MgATP State2 "half-up" Fo classified
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-27305: E. coli ATP synthase imaged in 10mM MgATP State2 "half-up" Fo refine
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.0 Å

EMDB-27306, PDB-8dbt:
E. coli ATP synthase imaged in 10mM MgATP State2 "down
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-27307, PDB-8dbu:
E. coli ATP synthase imaged in 10mM MgATP State2 "down" Fo classified
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-27308: E. coli ATP synthase imaged in 10mM MgATP State2 "down" Fo refine
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.2 Å

EMDB-27309: E. coli ATP synthase imaged in 10mM MgATP State3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-27310, PDB-8dbv:
E. coli ATP synthase imaged in 10mM MgATP State3 "down
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-27311, PDB-8dbw:
E. coli ATP synthase imaged in 10mM MgATP State3 "down" Fo classified
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-27312: E. coli ATP synthase imaged in 10mM MgATP State3 "down" Fo refine
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.4 Å

EMDB-27313: E. coli ATP synthase epsilon helix1 deletion mutant imaged in 10mM MgATP State1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-27314: E. coli ATP synthase epsilon helix1 deletion mutant imaged in 10mM MgATP State2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-27315: E. coli ATP synthase epsilon helix1 deletion mutant imaged in 10mM MgATP State3
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.9 Å

化合物

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Energy / ATP hyrolysis / ATP synthesis / Motor / cryoEM

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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