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タイトルThe Y430F mutant of Salmonella d-ornithine/d-lysine decarboxylase has altered stereospecificity and a putrescine allosteric activation site.
ジャーナル・号・ページArch. Biochem. Biophys., Vol. 731, Page 109429-109429, Year 2022
掲載日2022年5月31日 (構造データの登録日)
著者Phillips, R.S. / Nguyen Hoang, K.N.
リンクArch. Biochem. Biophys. / PubMed:36265649
手法X線回折
解像度1.22 - 1.54 Å
構造データ

PDB-8d2y:
Y430F mutant of D-ornithine/D-lysine decarboxylase
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.22 Å

PDB-8d4i:
Structure of Y430F D-ornithine/D-lysine decarboxylase complex with putrescine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.32 Å

PDB-8d5d:
Structure of Y430F D-ornithine/D-lysine decarboxylase complex with D-arginine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.54 Å

PDB-8d5r:
Structure of Y430F D-ornithine/D-lysine decarboxylase complex with D-ornithine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.44 Å

PDB-8d88:
Structure of Y430F D-ornithine/D-lysine decarboxylase complex with D-lysine
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.41 Å

化合物

ChemComp-DMS:
DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / DMSO, 沈殿剤*YM

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-EPE:
4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / pH緩衝剤*YM

ChemComp-ACT:
ACETATE ION / 酢酸イオン

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-PUT:
1,4-DIAMINOBUTANE / プトレシン

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-5DK:
(E)-N~2~-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methylidene)-D-arginine

ChemComp-ORX:
N~2~-({3-HYDROXY-2-METHYL-5-[(PHOSPHONOOXY)METHYL]PYRIDIN-4-YL}METHYL)-D-ORNITHINE

ChemComp-N2P:
PENTANE-1,5-DIAMINE / カダベリン

ChemComp-R1O:
N~2~-({3-hydroxy-2-methyl-5-[(phosphonooxy)methyl]pyridin-4-yl}methyl)-D-lysine

由来
  • salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium (サルモネラ菌)
キーワードLYASE / pyridoxal-5'-phosphate / decarboxylase / D-amino acid / Fold III

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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