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タイトルStructures and gating mechanisms of human bestrophin anion channels.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 3836, Year 2022
掲載日2022年7月4日
著者Aaron P Owji / Jiali Wang / Alec Kittredge / Zada Clark / Yu Zhang / Wayne A Hendrickson / Tingting Yang /
PubMed 要旨Bestrophin-1 (Best1) and bestrophin-2 (Best2) are two members of the bestrophin family of calcium (Ca)-activated chloride (Cl) channels with critical involvement in ocular physiology and direct ...Bestrophin-1 (Best1) and bestrophin-2 (Best2) are two members of the bestrophin family of calcium (Ca)-activated chloride (Cl) channels with critical involvement in ocular physiology and direct pathological relevance. Here, we report cryo-EM structures of wild-type human Best1 and Best2 in various states at up to 1.8 Å resolution. Ca-bound Best1 structures illustrate partially open conformations at the two Ca-dependent gates of the channels, in contrast to the fully open conformations observed in Ca-bound Best2, which is in accord with the significantly smaller currents conducted by Best1 in electrophysiological recordings. Comparison of the closed and open states reveals a C-terminal auto-inhibitory segment (AS), which constricts the channel concentrically by wrapping around the channel periphery in an inter-protomer manner and must be released to allow channel opening. Our results demonstrate that removing the AS from Best1 and Best2 results in truncation mutants with similar activities, while swapping the AS between Best1 and Best2 results in chimeric mutants with swapped activities, underlying a key role of the AS in determining paralog specificity among bestrophins.
リンクNat Commun / PubMed:35789156 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度1.78 - 3.11 Å
構造データ

27127

8d1e

EMDB-27127, PDB-8d1e:
hBest2 1uM Ca2+ (Ca2+-bound) closed state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.78 Å

27128

8d1f

EMDB-27128, PDB-8d1f:
hBest2 5mM Ca2+ (Ca2+-bound) closed state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.82 Å

27129

8d1g

EMDB-27129, PDB-8d1g:
hBest2 Ca2+-bound open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.07 Å

27130

8d1h

EMDB-27130, PDB-8d1h:
hBest2 Ca2+-unbound closed state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.94 Å

27131

8d1i

EMDB-27131, PDB-8d1i:
hBest1 1uM Ca2+ (Ca2+-bound) closed state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.82 Å

27132

8d1j

EMDB-27132, PDB-8d1j:
hBest1 5mM Ca2+ (Ca2+-bound) closed state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.05 Å

27133

8d1k

EMDB-27133, PDB-8d1k:
hBest1 Ca2+-bound partially open neck state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.28 Å

27134

8d1l

EMDB-27134, PDB-8d1l:
hBest1 Ca2+-bound partially open aperture state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.12 Å

27135

8d1m

EMDB-27135, PDB-8d1m:
hBest1 Ca2+-unbound closed state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.11 Å

27136

8d1n

EMDB-27136, PDB-8d1n:
bBest2_345 Ca2+-bound open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.93 Å

27137

8d1o

EMDB-27137, PDB-8d1o:
hBest1_345 Ca2+-bound open state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.44 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-MC3:
1,2-DIMYRISTOYL-RAC-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

ChemComp-DU0:
2-[2-[(1~{S},2~{S},4~{S},5'~{R},6~{R},7~{S},8~{R},9~{S},12~{S},13~{R},16~{S})-5',7,9,13-tetramethylspiro[5-oxapentacyclo[10.8.0.0^{2,9}.0^{4,8}.0^{13,18}]icos-18-ene-6,2'-oxane]-16-yl]oxyethyl]propane-1,3-diol

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • bos taurus (ウシ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Ion channel / chloride channel / anion channel / pentamer

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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