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タイトルA highly conserved ligand-binding site for AccA transporters of antibiotic and quorum-sensing regulator in Agrobacterium leads to a different specificity.
ジャーナル・号・ページBiochem. J., Vol. 481, Page 93-117, Year 2024
掲載日2023年1月12日 (構造データの登録日)
著者Morera, S. / Vigouroux, A. / Aumont-Nicaise, M. / Ahmar, M. / Meyer, T. / El Sahili, A. / Deicsics, G. / Gonzalez-Mula, A. / Li, S. / Dore, J. ...Morera, S. / Vigouroux, A. / Aumont-Nicaise, M. / Ahmar, M. / Meyer, T. / El Sahili, A. / Deicsics, G. / Gonzalez-Mula, A. / Li, S. / Dore, J. / Sirigu, S. / Legrand, P. / Penot, C. / Andre, F. / Faure, D. / Soulere, L. / Queneau, Y. / Vial, L.
リンクBiochem. J. / PubMed:38058289
手法X線回折
解像度1.199 - 2.8 Å
構造データ

PDB-8c6r:
PBP AccA from A. tumefaciens Bo542 in apoform 4
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.884 Å

PDB-8c6u:
PBP AccA-G145YG440Q mutant from A. tumefaciens Bo542 in apoform 4
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.843 Å

PDB-8c6w:
PBP AccA from A. tumefaciens Bo542 in apoform 1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.8 Å

PDB-8c6y:
PBP AccA from A. tumefaciens Bo542 in apoform 2
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.901 Å

PDB-8c75:
PBP AccA from A. tumefaciens Bo542 in apoform 3
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.673 Å

PDB-8caw:
PBP AccA from A. tumefaciens Bo542 in complex with agrocin84
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.256 Å

PDB-8cay:
PBP AccA from A. tumefaciens Bo542 in complex with Agrocinopine D-like
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.626 Å

PDB-8cb9:
PBP AccA from A. tumefaciens Bo542 in complex with D-Glucose-2-phosphate
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.79 Å

PDB-8cdo:
PBP AccA-F144YG440Q from A. tumefaciens Bo542 in complex with agrocinopine C-like
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.32 Å

PDB-8ch1:
PBP AccA from A. vitis S4 in complex with Agrocinopine A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.496 Å

PDB-8ch2:
PBP AccA from A. vitis S4 in complex with L-arabinose-2-phosphate (A2P)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.404 Å

PDB-8ch3:
PBP AccA from A. vitis S4 in complex with Agrocinopine C-like
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.398 Å

PDB-8chc:
PBP AccA from A. vitis S4 in complex with Agrocinopine D-like
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.679 Å

PDB-8ci6:
PBP AccA from A. vitis S4 in complex with D-glucose-2-phosphate (G2P)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.199 Å

PDB-8cju:
PBP AccA from A. vitis S4 in complex with agrocin84
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.349 Å

PDB-8ckd:
PBP AccA from A. fabrum C58 in complex with agrocinopine D-like
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-8cke:
PBP AccA from A.tumefaciens C58 in complex with agrocinopine A in space group I222
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.298 Å

PDB-8cko:
PBP AccA from A.tumefaciens C58 in complex with agrocinopine C-like
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.421 Å

化合物

ChemComp-PEG:
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-PGE:
TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-ACT:
ACETATE ION / 酢酸イオン

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-C84:
[(2R,3R,4S,5S,6R)-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl]oxy-N-[9-[(2R,3S,5R)-5-[[[(2R,3S)-4-methyl-2,3-bis(oxidanyl)pentanoyl]amino]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]purin-6-yl]phosphonamidic acid

ChemComp-UKU:
[(2S,3R,4S,5S,6R)-6-(hydroxymethyl)-2,4,5-tris(oxidanyl)oxan-3-yl]oxy-N-[9-[(2R,3S,5R)-5-[[[(2R,3S)-4-methyl-2,3-bis(oxidanyl)pentanoyl]amino]-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3-oxidanyl-oxolan-2-yl]purin-6-yl]phosphonamidic acid

ChemComp-Y4H:
Agrocinopine D-like (C2-C2 linked; with an alpha and beta-D-glucopyranose)

ChemComp-Y45:
Agrocinopine D-like (C2-C2 linked; with two alpha-D-glucopyranoses)

ChemComp-BNX:
2-O-phosphono-beta-D-glucopyranose

ChemComp-ALX:
2-O-phosphono-alpha-D-glucopyranose

ChemComp-PG4:
TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル / 沈殿剤*YM

ChemComp-VDF:
2-O-phosphono-beta-L-arabinopyranose

ChemComp-LAO:
2-O-phosphono-alpha-L-arabinopyranose

由来
  • agrobacterium tumefaciens (植物への病原性)
  • agrobacterium vitis s4 (バクテリア)
  • allorhizobium ampelinum s4 (バクテリア)
  • agrobacterium fabrum str. c58 (バクテリア)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / a Periplasmic binding protein / a solute binding protein / Periplasmic binding protein / solute binding protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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