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Structure paper

タイトルStructural basis for guide RNA selection by the RESC1-RESC2 complex.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res, Vol. 51, Issue 9, Page 4602-4612, Year 2023
掲載日2023年3月31日
著者Luciano G Dolce / Yevheniia Nesterenko / Leon Walther / Félix Weis / Eva Kowalinski /
PubMed 要旨Kinetoplastid parasites, such as trypanosomes or leishmania, rely on RNA-templated RNA editing to mature mitochondrial cryptic pre-mRNAs into functional protein-coding transcripts. Processive pan- ...Kinetoplastid parasites, such as trypanosomes or leishmania, rely on RNA-templated RNA editing to mature mitochondrial cryptic pre-mRNAs into functional protein-coding transcripts. Processive pan-editing of multiple editing blocks within a single transcript is dependent on the 20-subunit RNA editing substrate binding complex (RESC) that serves as a platform to orchestrate the interactions between pre-mRNA, guide RNAs (gRNAs), the catalytic RNA editing complex (RECC), and a set of RNA helicases. Due to the lack of molecular structures and biochemical studies with purified components, neither the spacio-temporal interplay of these factors nor the selection mechanism for the different RNA components is understood. Here we report the cryo-EM structure of Trypanosoma brucei RESC1-RESC2, a central hub module of the RESC complex. The structure reveals that RESC1 and RESC2 form an obligatory domain-swapped dimer. Although the tertiary structures of both subunits closely resemble each other, only RESC2 selectively binds 5'-triphosphate-nucleosides, a defining characteristic of gRNAs. We therefore propose RESC2 as the protective 5'-end binding site for gRNAs within the RESC complex. Overall, our structure provides a starting point for the study of the assembly and function of larger RNA-bound kinetoplast RNA editing modules and might aid in the design of anti-parasite drugs.
リンクNucleic Acids Res / PubMed:36999600 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.4 - 4.7 Å
構造データ

16592

8cdp

EMDB-16592, PDB-8cdp:
Cryo-EM structure of the RESC1-RESC2 complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-16593: Cryo-EM map of RESC1-RESC2 bound to gRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.7 Å

由来
  • trypanosoma brucei brucei (トリパノソーマ)
キーワードRNA BINDING PROTEIN / RESC / RNA editing / cryo-EM structure / Trypanosoma brucei

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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