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Structure paper

タイトルStructural Insights into Common and Host-Specific Receptor-Binding Mechanisms in Algal Picorna-like Viruses.
ジャーナル・号・ページViruses, Vol. 14, Issue 11, Year 2022
掲載日2022年10月27日
著者Han Wang / Anna Munke / Siqi Li / Yuji Tomaru / Kenta Okamoto /
PubMed 要旨 viruses are abundant algal viruses that regulate the dynamics of algal blooms in aquatic environments. They employ a narrow host range because they merely lyse their algal host species. This host- ... viruses are abundant algal viruses that regulate the dynamics of algal blooms in aquatic environments. They employ a narrow host range because they merely lyse their algal host species. This host-specific lysis is thought to correspond to the unique receptor-binding mechanism of the viruses. Here, we present the atomic structures of the full and empty capsids of Chaetoceros socialis forma radians RNA virus 1 built-in 3.0 Å and 3.1 Å cryo-electron microscopy maps. The empty capsid structure and the structural variability provide insights into its assembly and uncoating intermediates. In conjunction with the previously reported atomic model of the Chaetoceros tenuissimus RNA virus type II capsid, we have identified the common and diverse structural features of the VP1 surface between the viruses. We have also tested the potential usage of AlphaFold2 for structural prediction of the VP1s and a subsequent structural phylogeny for classifying viruses by their hosts. These findings will be crucial for inferring the host-specific receptor-binding mechanism in viruses.
リンクViruses / PubMed:36366467 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 3.1 Å
構造データ

15823

8b38

EMDB-15823: Chaetoceros socialis forma radians RNA virus 1 full capsid
PDB-8b38: Chaetoceros socialis forma radians RNA virus 1 full capsid atomic model
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

15830

8b3j

EMDB-15830: haetoceros socialis forma radians RNA virus 1 empty capsid
PDB-8b3j: Chaetoceros socialis forma radians RNA virus 1 empty capsid atomic model
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

由来
  • chaetoceros socialis forma radians rna virus 1 (ウイルス)
キーワードVIRUS / pseudo-T=3 / icosahedral / empty particle capsid

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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