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タイトルMillisecond cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger simplifies time-resolved crystallography.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 14, Page 2365-2365, Year 2023
掲載日2022年8月29日 (構造データの登録日)
著者Mehrabi, P. / Sung, S. / von Stetten, D. / Prester, A. / Hatton, C.E. / Kleine-Dopke, S. / Berkes, A. / Gore, G. / Leimkohl, J.P. / Schikora, H. ...Mehrabi, P. / Sung, S. / von Stetten, D. / Prester, A. / Hatton, C.E. / Kleine-Dopke, S. / Berkes, A. / Gore, G. / Leimkohl, J.P. / Schikora, H. / Kollewe, M. / Rohde, H. / Wilmanns, M. / Tellkamp, F. / Schulz, E.C.
リンクNat Commun / PubMed:37185266
手法X線回折
解像度1.47 - 2.5 Å
構造データ

PDB-8aw8:
Xylose Isomerase in 70% relative humidity environment
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.63 Å

PDB-8aw9:
Xylose Isomerase in 75% relative humidity environment
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.62 Å

PDB-8awb:
Xylose Isomerase in 90% relative humidity environment
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-8awc:
Xylose Isomerase in 85% relative humidity environment
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.75 Å

PDB-8awd:
Xylose Isomerase in 95% relative humidity environment
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

PDB-8awe:
Xylose Isomerase in 99% relative humidity environment
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.7 Å

PDB-8awf:
Xylose Isomerase in 80% relative humidity environment
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.61 Å

PDB-8aws:
Millisecond cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger, Xylose Isomerase with Glucose at 50ms
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.26 Å

PDB-8awu:
Millisecond cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger, Xylose Isomerase with Glucose at 250ms
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.47 Å

PDB-8awv:
Millisecond cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger, Xylose Isomerase with Glucose at 500ms
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.08 Å

PDB-8awx:
Millisecond cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger, Xylose Isomerase with Glucose at 1s
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.96 Å

PDB-8awy:
Millisecond cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger, Serial measurement Xylose Isomerase with 2,3-butanediol at 50ms
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.6 Å

PDB-8b03:
TRYPTOPHAN SYNTHASE - Cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger after 0 sec
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.22 Å

PDB-8b05:
TRYPTOPHAN SYNTHASE - Cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger after 20 sec
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.1 Å

PDB-8b06:
TRYPTOPHAN SYNTHASE - Cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger after 25 sec
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.49 Å

PDB-8b08:
TRYPTOPHAN SYNTHASE - Cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger after 30 sec
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-8b2o:
Millisecond cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger, CTX-M-14 E166A, Ampicillin, 5 sec
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.86 Å

PDB-8b2v:
Millisecond cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger, CTX-M-14 E166A Ampicillin, 1 sec
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.73 Å

PDB-8b2w:
Millisecond cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger, CTX-M-14 E166A, Ampicillin, 500 MS
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.78 Å

PDB-8b3m:
Millisecond cryo-trapping by the spitrobot crystal plunger, CTXM-14 Avibactam complex, SSX, 1 sec
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.97 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-MN:
Unknown entry

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-PEG:
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル

ChemComp-BGC:
beta-D-glucopyranose / β-D-グルコピラノ-ス

ChemComp-GLC:
alpha-D-glucopyranose / α-D-グルコピラノ-ス

ChemComp-BU9:
Meso-2,3-Butanediol / meso-2,3-ブタンジオ-ル

ChemComp-PLP:
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / ピリドキサ-ル5′-りん酸

ChemComp-CS:
Unknown entry / セシウムカチオン

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-PLS:
[3-HYDROXY-2-METHYL-5-PHOSPHONOOXYMETHYL-PYRIDIN-4-YLMETHYL]-SERINE

ChemComp-IND:
INDOLE / インド-ル

ChemComp-SER:
SERINE / セリン

ChemComp-G3P:
SN-GLYCEROL-3-PHOSPHATE / L-グリセロ-ル3-りん酸

ChemComp-AIX:
(2R,4S)-2-[(1R)-1-{[(2R)-2-amino-2-phenylacetyl]amino}-2-oxoethyl]-5,5-dimethyl-1,3-thiazolidine-4-carboxylic acid

ChemComp-NXL:
(2S,5R)-1-formyl-5-[(sulfooxy)amino]piperidine-2-carboxamide / 抗生剤, 阻害剤*YM

由来
  • streptomyces rubiginosus (バクテリア)
  • salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium (サルモネラ菌)
  • klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
キーワードISOMERASE / Xylose Isomerase / Glucose Isomerase / Humidity / Space group change / Unit cell change / time-resolved crystallography / Humidity serial measurement / LYASE / Trytophan Synthase / HYDROLASE / beta-lactamase / CTX-M-14

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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