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タイトルUnraveling the maturation pathway of a eukaryotic virus through cryo-EM.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 123, Issue 9, Page e2420493123, Year 2026
掲載日2026年3月3日
著者Roger Castells-Graells / Emma L Hesketh / Tsutomu Matsui / John E Johnson / Neil A Ranson / David M Lawson / George P Lomonossoff /
PubMed 要旨Virus maturation is a fundamental biological process involving large-scale structural reorganizations that drive functional activation and lead to infectivity. Understanding the steps from the ...Virus maturation is a fundamental biological process involving large-scale structural reorganizations that drive functional activation and lead to infectivity. Understanding the steps from the initial procapsid assembly to mature virions is essential, both for comprehending viral life cycles and for developing antiviral therapies. However, capturing these steps has been challenging due to the transient and elusive nature of intermediate states. The nonenveloped, T = 4, ssRNA-containing, omega virus (NωV) is a highly accessible model system that exemplifies the maturation process of a eukaryotic virus. During maturation, the particle shrinks in outer diameter from 482 Å (pH 7.6) to 428 Å (pH 5.0). It is possible to mimic the maturation process in vitro by lowering the pH of a population of procapsids produced in heterologous systems. Indeed, by controlling the pH in vitro, it is possible to produce homogenous populations of intermediate NωV virus-like particles (VLPs) that occur too fleetingly to be observed in vivo. Here, we report structural models, based on cryoelectron microscopy (cryo-EM), of five intermediates in the NωV maturation process. The structures of the intermediate particles reveal unique, quaternary position-dependent trajectories and refolding of subunit N and C-terminal regions, including the formation of the autocatalytic cleavage site at N570. The detailed structures reported here, coupled with previously determined structures of the procapsids and mature particles, allow the maturation pathway to be described in detail for a eukaryotic virus.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:41739563 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.39 - 4.88 Å
構造データ

EMDB-15112, PDB-8a3c:
Nudaurelia capensis omega virus maturation intermediate captured at pH5.9 (insect cell expressed VLPs)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.92 Å

EMDB-15134, PDB-8a41:
Nudaurelia capensis omega virus procapsid at pH7.6 (insect cell expressed VLPs)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.88 Å

EMDB-15209, PDB-8a6j:
Nudaurelia capensis omega virus maturation intermediate captured at pH6.25 (insect cell expressed VLPs)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.8 Å

EMDB-15266: Nudaurelia capensis omega virus maturation intermediates captured at pH5.6 (insect cell expressed VLPs): consensus map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.39 Å

EMDB-15307, PDB-8aay:
Nudaurelia capensis omega virus maturation intermediate captured at pH5.6 (insect cell expressed VLPs): small class from symmetry expansion
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.39 Å

EMDB-15339, PDB-8ac6:
Nudaurelia capensis omega virus maturation intermediate captured at pH5.6 (insect cell expressed VLPs): medium class from symmetry expansion
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.63 Å

EMDB-15348, PDB-8ach:
Nudaurelia capensis omega virus maturation intermediate captured at pH5.6 (insect cell expressed VLPs): large class from symmetry expansion
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.91 Å

由来
  • nudaurelia capensis omega virus (ウイルス)
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / ICOSAHEDRAL VIRUS / AUTO-CATALYTIC CLEAVAGE / VIRUS MATURATION / VIRUS-LIKE PARTICLE

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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