[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルCryo-EM structure of the human NKCC1 transporter reveals mechanisms of ion coupling and specificity.
ジャーナル・号・ページEMBO J, Vol. 41, Issue 23, Page e110169, Year 2022
掲載日2022年12月1日
著者Caroline Neumann / Lena Lindtoft Rosenbaek / Rasmus Kock Flygaard / Michael Habeck / Jesper Lykkegaard Karlsen / Yong Wang / Kresten Lindorff-Larsen / Hans Henrik Gad / Rune Hartmann / Joseph Anthony Lyons / Robert A Fenton / Poul Nissen /
PubMed 要旨The sodium-potassium-chloride transporter NKCC1 of the SLC12 family performs Na -dependent Cl - and K -ion uptake across plasma membranes. NKCC1 is important for regulating cell volume, hearing, ...The sodium-potassium-chloride transporter NKCC1 of the SLC12 family performs Na -dependent Cl - and K -ion uptake across plasma membranes. NKCC1 is important for regulating cell volume, hearing, blood pressure, and regulation of hyperpolarizing GABAergic and glycinergic signaling in the central nervous system. Here, we present a 2.6 Å resolution cryo-electron microscopy structure of human NKCC1 in the substrate-loaded (Na , K , and 2 Cl ) and occluded, inward-facing state that has also been observed for the SLC6-type transporters MhsT and LeuT. Cl binding at the Cl1 site together with the nearby K ion provides a crucial bridge between the LeuT-fold scaffold and bundle domains. Cl -ion binding at the Cl2 site seems to undertake a structural role similar to conserved glutamate of SLC6 transporters and may allow for Cl -sensitive regulation of transport. Supported by functional studies in mammalian cells and computational simulations, we describe a putative Na release pathway along transmembrane helix 5 coupled to the Cl2 site. The results provide insight into the structure-function relationship of NKCC1 with broader implications for other SLC12 family members.
リンクEMBO J / PubMed:36239040 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.55 Å
構造データ

14709

7zgo

EMDB-14709, PDB-7zgo:
Cryo-EM structure of human NKCC1 (TM domain)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.55 Å

化合物

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / SLC12 family / NKCC1 in complex with Na+ / K+ and 2Cl- / LeuT-fold

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る