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タイトルBroadly neutralizing and protective nanobodies against SARS-CoV-2 Omicron subvariants BA.1, BA.2, and BA.4/5 and diverse sarbecoviruses.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 7957, Year 2022
掲載日2022年12月27日
著者Mingxi Li / Yifei Ren / Zhen Qin Aw / Bo Chen / Ziqing Yang / Yuqing Lei / Lin Cheng / Qingtai Liang / Junxian Hong / Yiling Yang / Jing Chen / Yi Hao Wong / Jing Wei / Sisi Shan / Senyan Zhang / Jiwan Ge / Ruoke Wang / Jay Zengjun Dong / Yuxing Chen / Xuanling Shi / Qi Zhang / Zheng Zhang / Justin Jang Hann Chu / Xinquan Wang / Linqi Zhang /
PubMed 要旨As SARS-CoV-2 Omicron and other variants of concern (VOCs) continue spreading worldwide, development of antibodies and vaccines to confer broad and protective activity is a global priority. Here, we ...As SARS-CoV-2 Omicron and other variants of concern (VOCs) continue spreading worldwide, development of antibodies and vaccines to confer broad and protective activity is a global priority. Here, we report on the identification of a special group of nanobodies from immunized alpaca with potency against diverse VOCs including Omicron subvariants BA.1, BA.2 and BA.4/5, SARS-CoV-1, and major sarbecoviruses. Crystal structure analysis of one representative nanobody, 3-2A2-4, discovers a highly conserved epitope located between the cryptic and the outer face of the receptor binding domain (RBD), distinctive from the receptor ACE2 binding site. Cryo-EM and biochemical evaluation reveal that 3-2A2-4 interferes structural alteration of RBD required for ACE2 binding. Passive delivery of 3-2A2-4 protects K18-hACE2 mice from infection of authentic SARS-CoV-2 Delta and Omicron. Identification of these unique nanobodies will inform the development of next generation antibody therapies and design of pan-sarbecovirus vaccines.
リンクNat Commun / PubMed:36575191 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.8 - 3.29 Å
構造データ

EMDB-33923: Cryo-EM structure of SARS-CoV-2 Omicron spike glycoprotein in complex with three neutralizing nanobody 3-2A2-4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.29 Å

PDB-7x2j:
Crystal structure of nanobody Nb70 with SARS-CoV RBD
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-7x2k:
Crystal structure of nanobody Nb70 with antibody 1F11 fab and SARS-CoV-2 RBD
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-7x2l:
Crystal structure of nanobody 3-2A2-4 with SARS-CoV-2 RBD
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-7x2m:
Crystal structure of nanobody 1-2C7 with SARS-CoV-2 RBD
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • vicugna pacos (アルパカ)
  • severe acute respiratory syndrome-related coronavirus (ウイルス)
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードVIRAL PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / SARS-CoV / nanobody / spike / receptor binding domain / VIRAL PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / SARS-CoV-2

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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