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タイトルDecoding the Mechanism of Specific RNA Targeting by Ribosomal Methyltransferases.
ジャーナル・号・ページACS Chem Biol, Vol. 17, Issue 4, Page 829-839, Year 2022
掲載日2022年4月15日
著者Juhi Singh / Rahul Raina / Kutti R Vinothkumar / Ruchi Anand /
PubMed 要旨Methylation of specific nucleotides is integral for ribosomal biogenesis and also serves as a common mechanism to confer antibiotic resistance by pathogenic bacteria. Here, by determining the high- ...Methylation of specific nucleotides is integral for ribosomal biogenesis and also serves as a common mechanism to confer antibiotic resistance by pathogenic bacteria. Here, by determining the high-resolution structure of the 30S-KsgA complex by cryo-electron microscopy, a state was captured, where KsgA juxtaposes between helices h44 and h45 of the 30S ribosome, separating them, thereby enabling remodeling of the surrounded rRNA and allowing the cognate site to enter the methylation pocket. With the structure as a guide, several mutant versions of the ribosomes, where interacting bases in the catalytic helix h45 and surrounding helices h44, h24, and h27, were mutated and evaluated for their methylation efficiency revealing factors that direct the enzyme to its cognate site with high fidelity. The biochemical studies show that the three-dimensional environment of the ribosome enables the interaction of select loop regions in KsgA with the ribosome helices paramount to maintain selectivity.
リンクACS Chem Biol / PubMed:35316014
手法EM (単粒子)
解像度3.24 - 3.6 Å
構造データ

31655

7v2l

EMDB-31655, PDB-7v2l:
T.thermophilus 30S ribosome with KsgA, class K1k2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

31656

7v2m

EMDB-31656, PDB-7v2m:
T.thermophilus 30S ribosome with KsgA, class K1k4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

31657

7v2n

EMDB-31657, PDB-7v2n:
T.thermophilus 30S ribosome with KsgA, class K2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

31658

7v2o

EMDB-31658, PDB-7v2o:
T.thermophilus 30S ribosome with KsgA, class K4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

31659

7v2p

EMDB-31659, PDB-7v2p:
T.thermophilus 30S ribosome with KsgA, class K5
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

31660

7v2q

EMDB-31660, PDB-7v2q:
T.thermophilus 30S ribosome with KsgA, class K6
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.24 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • thermus thermophilus hb8 (バクテリア)
  • bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌)
キーワードRIBOSOME / 30S subunit / KsgA / rRNA methyltransferase

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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