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Structure paper

タイトルStructural and mechanistic basis for recognition of alternative tRNA precursor substrates by bacterial ribonuclease P.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 5120, Year 2022
掲載日2022年8月31日
著者Jiaqiang Zhu / Wei Huang / Jing Zhao / Loc Huynh / Derek J Taylor / Michael E Harris /
PubMed 要旨Binding of precursor tRNAs (ptRNAs) by bacterial ribonuclease P (RNase P) involves an encounter complex (ES) that isomerizes to a catalytic conformation (ES*). However, the structures of ...Binding of precursor tRNAs (ptRNAs) by bacterial ribonuclease P (RNase P) involves an encounter complex (ES) that isomerizes to a catalytic conformation (ES*). However, the structures of intermediates and the conformational changes that occur during binding are poorly understood. Here, we show that pairing between the 5' leader and 3'RCCA extending the acceptor stem of ptRNA inhibits ES* formation. Cryo-electron microscopy single particle analysis reveals a dynamic enzyme that becomes ordered upon formation of ES* in which extended acceptor stem pairing is unwound. Comparisons of structures with alternative ptRNAs reveals that once unwinding is completed RNase P primarily uses stacking interactions and shape complementarity to accommodate alternative sequences at its cleavage site. Our study reveals active site interactions and conformational changes that drive molecular recognition by RNase P and lays the foundation for understanding how binding interactions are linked to helix unwinding and catalysis.
リンクNat Commun / PubMed:36045135 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.1 - 3.4 Å
構造データ

26636

7uo0

EMDB-26636, PDB-7uo0:
E.coli RNaseP Holoenzyme with Mg2+
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

26637

7uo1

EMDB-26637, PDB-7uo1:
E.coli RNaseP Holoenzyme with Mg2+
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

26638

7uo2

EMDB-26638, PDB-7uo2:
E.coli RNaseP Holoenzyme with Mg2+
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

26640

7uo5

EMDB-26640, PDB-7uo5:
E.coli RNaseP Holoenzyme with Mg2+
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードHYDROLASE/RNA / ribozyme / protein-RNA complex / divalent ion / RNA / HYDROLASE-RNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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