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Structure paper

タイトルSubstrate binding and inhibition of the anion exchanger 1 transporter.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 30, Issue 10, Page 1495-1504, Year 2023
掲載日2023年9月7日
著者Michael J Capper / Shifan Yang / Alexander C Stone / Sezen Vatansever / Gregory Zilberg / Yamuna Kalyani Mathiharan / Raul Habib / Keino Hutchinson / Yihan Zhao / Avner Schlessinger / Mihaly Mezei / Roman Osman / Bin Zhang / Daniel Wacker /
PubMed 要旨Anion exchanger 1 (AE1), a member of the solute carrier (SLC) family, is the primary bicarbonate transporter in erythrocytes, regulating pH levels and CO transport between lungs and tissues. Previous ...Anion exchanger 1 (AE1), a member of the solute carrier (SLC) family, is the primary bicarbonate transporter in erythrocytes, regulating pH levels and CO transport between lungs and tissues. Previous studies characterized its role in erythrocyte structure and provided insight into transport regulation. However, key questions remain regarding substrate binding and transport, mechanisms of drug inhibition and modulation by membrane components. Here we present seven cryo-EM structures in apo, bicarbonate-bound and inhibitor-bound states. These, combined with uptake and computational studies, reveal important molecular features of substrate recognition and transport, and illuminate sterol binding sites, to elucidate distinct inhibitory mechanisms of research chemicals and prescription drugs. We further probe the substrate binding site via structure-based ligand screening, identifying an AE1 inhibitor. Together, our findings provide insight into mechanisms of solute carrier transport and inhibition.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:37679563 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.95 - 3.37 Å
構造データ

26165

7ty4

EMDB-26165, PDB-7ty4:
Cryo-EM structure of human Anion Exchanger 1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.99 Å

26167

7ty6

EMDB-26167, PDB-7ty6:
Cryo-EM structure of human Anion Exchanger 1 bound to 4,4'-Diisothiocyanatodihydrostilbene-2,2'-Disulfonic Acid (H2DIDS)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.98 Å

26168

7ty7

EMDB-26168, PDB-7ty7:
Cryo-EM structure of human Anion Exchanger 1 bound to Bicarbonate
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.37 Å

26169

7ty8

EMDB-26169, PDB-7ty8:
Cryo-EM structure of human Anion Exchanger 1 bound to Niflumic Acid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

26171

7tya

EMDB-26171, PDB-7tya:
Cryo-EM structure of human Anion Exchanger 1 modified with Diethyl Pyrocarbonate (DEPC)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.07 Å

41081

8t6u

EMDB-41081, PDB-8t6u:
Cryo-EM structure of human Anion Exchanger 1 bound to Dipyridamole
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.13 Å

41082

8t6v

EMDB-41082, PDB-8t6v:
Cryo-EM structure of human Anion Exchanger 1 bound to 4,4'-Diisothiocyanatostilbene-2,2'-Disulfonic Acid (DIDS)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.95 Å

化合物

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-4DS:
4,4'-Diisothiocyano-2,2'-stilbenedisulfonic acid / 2,2′-[(E)-エテン-1,2-ジイル]ビス(5-イソチオシアナトベンゼンスルホン酸) / 阻害剤*YM

ChemComp-BCT:
BICARBONATE ION / 炭酸水素アニオン / pH緩衝剤*YM

ChemComp-NFL:
2-{[3-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]AMINO}NICOTINIC ACID / ニフルム酸 / 阻害剤*YM

ChemComp-H9F:
2-[[2-[bis(2-hydroxyethyl)amino]-4,8-di(piperidin-1-yl)pyrimido[5,4-d]pyrimidin-6-yl]-(2-hydroxyethyl)amino]ethanol / ジピリダモ-ル / 薬剤, 阻害剤*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Transmembrane

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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