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タイトルThe mechanism of RNA capping by SARS-CoV-2.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 609, Issue 7928, Page 793-800, Year 2022
掲載日2022年8月9日
著者Gina J Park / Adam Osinski / Genaro Hernandez / Jennifer L Eitson / Abir Majumdar / Marco Tonelli / Katie Henzler-Wildman / Krzysztof Pawłowski / Zhe Chen / Yang Li / John W Schoggins / Vincent S Tagliabracci /
PubMed 要旨The RNA genome of SARS-CoV-2 contains a 5' cap that facilitates the translation of viral proteins, protection from exonucleases and evasion of the host immune response. How this cap is made in SARS- ...The RNA genome of SARS-CoV-2 contains a 5' cap that facilitates the translation of viral proteins, protection from exonucleases and evasion of the host immune response. How this cap is made in SARS-CoV-2 is not completely understood. Here we reconstitute the N7- and 2'-O-methylated SARS-CoV-2 RNA cap (GpppA) using virally encoded non-structural proteins (nsps). We show that the kinase-like nidovirus RdRp-associated nucleotidyltransferase (NiRAN) domain of nsp12 transfers the RNA to the amino terminus of nsp9, forming a covalent RNA-protein intermediate (a process termed RNAylation). Subsequently, the NiRAN domain transfers the RNA to GDP, forming the core cap structure GpppA-RNA. The nsp14 and nsp16 methyltransferases then add methyl groups to form functional cap structures. Structural analyses of the replication-transcription complex bound to nsp9 identified key interactions that mediate the capping reaction. Furthermore, we demonstrate in a reverse genetics system that the N terminus of nsp9 and the kinase-like active-site residues in the NiRAN domain are required for successful SARS-CoV-2 replication. Collectively, our results reveal an unconventional mechanism by which SARS-CoV-2 caps its RNA genome, thus exposing a new target in the development of antivirals to treat COVID-19.
リンクNature / PubMed:35944563 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.18 Å
構造データ

25898

7thm

EMDB-25898, PDB-7thm:
SARS-CoV-2 nsp12/7/8 complex with a native N-terminus nsp9
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MN:
Unknown entry

ChemComp-POP:
PYROPHOSPHATE 2-

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
キーワードVIRAL PROTEIN / polymerase / NiRAN / capping / nsp9

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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