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タイトルMolecular recognition of formylpeptides and diverse agonists by the formylpeptide receptors FPR1 and FPR2.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 1054, Year 2022
掲載日2022年2月25日
著者Youwen Zhuang / Lei Wang / Jia Guo / Dapeng Sun / Yue Wang / Weiyi Liu / H Eric Xu / Cheng Zhang /
PubMed 要旨The formylpeptide receptors (FPRs) mediate pattern recognition of formylated peptides derived from invading pathogens or mitochondria from dead host cells. They can also sense other structurally ...The formylpeptide receptors (FPRs) mediate pattern recognition of formylated peptides derived from invading pathogens or mitochondria from dead host cells. They can also sense other structurally distinct native peptides and even lipid mediators to either promote or resolve inflammation. Pharmacological targeting of FPRs represents a novel therapeutic approach in treating inflammatory diseases. However, the molecular mechanisms underlying FPR ligand recognition are elusive. We report cryo-EM structures of G-coupled FPR1 and FPR2 bound to a formylpeptide and G-coupled FPR2 bound to two synthetic peptide and small-molecule agonists. Together with mutagenesis data, our structures reveal the molecular mechanism of formylpeptide recognition by FPRs and structural variations of FPR1 and FPR2 leading to their different ligand preferences. Structural analysis also suggests that diverse FPR agonists sample a conserved activation chamber at the bottom of ligand-binding pockets to activate FPRs. Our results provide a basis for rational drug design on FPRs.
リンクNat Commun / PubMed:35217703 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.2 Å
構造データ

25726

7t6s

EMDB-25726, PDB-7t6s:
Structure of the human FPR2-Gi complex with compound C43
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

25727

7t6t

EMDB-25727, PDB-7t6t:
Structure of the human FPR1-Gi complex with fMLFII
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

25728

7t6u

EMDB-25728, PDB-7t6u:
Structure of the human FPR2-Gi complex with CGEN-855A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

25729

7t6v

EMDB-25729, PDB-7t6v:
Structure of the human FPR2-Gi complex with fMLFII
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-FUI:
N-(4-chlorophenyl)-N'-[1-methyl-3-oxo-2-phenyl-5-(propan-2-yl)-2,3-dihydro-1H-pyrazol-4-yl]urea / Cpd43

ChemComp-PLM:
PALMITIC ACID / パルミチン酸

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • rattus (ネズミ)
  • bos taurus (ウシ)
  • homo (哺乳類)
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR / membrane protein

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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