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Structure paper

タイトルSymmetric activation and modulation of the human calcium-sensing receptor.
ジャーナル・号・ページProc Natl Acad Sci U S A, Vol. 118, Issue 51, Year 2021
掲載日2021年12月21日
著者Jinseo Park / Hao Zuo / Aurel Frangaj / Ziao Fu / Laura Y Yen / Zhening Zhang / Lidia Mosyak / Vesna N Slavkovich / Jonathan Liu / Kimberly M Ray / Baohua Cao / Francesca Vallese / Yong Geng / Shaoxia Chen / Robert Grassucci / Venkata P Dandey / Yong Zi Tan / Edward Eng / Yeji Lee / Brian Kloss / Zheng Liu / Wayne A Hendrickson / Clinton S Potter / Bridget Carragher / Joseph Graziano / Arthur D Conigrave / Joachim Frank / Oliver B Clarke / Qing R Fan /
PubMed 要旨The human extracellular calcium-sensing (CaS) receptor controls plasma Ca levels and contributes to nutrient-dependent maintenance and metabolism of diverse organs. Allosteric modulation of the CaS ...The human extracellular calcium-sensing (CaS) receptor controls plasma Ca levels and contributes to nutrient-dependent maintenance and metabolism of diverse organs. Allosteric modulation of the CaS receptor corrects disorders of calcium homeostasis. Here, we report the cryogenic-electron microscopy reconstructions of a near-full-length CaS receptor in the absence and presence of allosteric modulators. Activation of the homodimeric CaS receptor requires a break in the transmembrane 6 (TM6) helix of each subunit, which facilitates the formation of a TM6-mediated homodimer interface and expansion of homodimer interactions. This transformation in TM6 occurs without a positive allosteric modulator. Two modulators with opposite functional roles bind to overlapping sites within the transmembrane domain through common interactions, acting to stabilize distinct rotamer conformations of key residues on the TM6 helix. The positive modulator reinforces TM6 distortion and maximizes subunit contact to enhance receptor activity, while the negative modulator strengthens an intact TM6 to dampen receptor function. In both active and inactive states, the receptor displays symmetrical transmembrane conformations that are consistent with its homodimeric assembly.
リンクProc Natl Acad Sci U S A / PubMed:34916296 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.7 - 5.9 Å
構造データ

25143

7sil

EMDB-25143, PDB-7sil:
Structure of positive allosteric modulator-bound active human calcium-sensing receptor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

25144

7sim

EMDB-25144, PDB-7sim:
Structure of positive allosteric modulator-free active human calcium-sensing receptor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

25145

7sin

EMDB-25145, PDB-7sin:
Structure of negative allosteric modulator-bound inactive human calcium-sensing receptor
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.9 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-TCR:
CYCLOMETHYLTRYPTOPHAN / 1,2,3,4-テトラヒドロ-β-カルボリン-3α-カルボン酸

ChemComp-PO4:
PHOSPHATE ION / ホスファ-ト

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-9IG:
3-(2-chlorophenyl)-N-[(1R)-1-(3-methoxyphenyl)ethyl]propan-1-amine / NPS-R-568

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

ChemComp-YP1:
2-chloro-6-[(2R)-2-hydroxy-3-{[2-methyl-1-(naphthalen-2-yl)propan-2-yl]amino}propoxy]benzonitrile / 2-[(R)-2-ヒドロキシ-3-[1,1-ジメチル-2-(2-ナフチル)エチルアミノ]プロポキシ]-6-クロロベンゾ(以下略) / アンタゴニスト, ホルモン*YM

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / calcium-sensing receptor / cryo-EM structure / allosteric modulation / activation mechanism / symmetry

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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