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タイトルComputational identification of a systemic antibiotic for gram-negative bacteria.
ジャーナル・号・ページNat Microbiol, Vol. 7, Issue 10, Page 1661-1672, Year 2022
掲載日2022年9月26日
著者Ryan D Miller / Akira Iinishi / Seyed Majed Modaresi / Byung-Kuk Yoo / Thomas D Curtis / Patrick J Lariviere / Libang Liang / Sangkeun Son / Samantha Nicolau / Rachel Bargabos / Madeleine Morrissette / Michael F Gates / Norman Pitt / Roman P Jakob / Parthasarathi Rath / Timm Maier / Andrey G Malyutin / Jens T Kaiser / Samantha Niles / Blake Karavas / Meghan Ghiglieri / Sarah E J Bowman / Douglas C Rees / Sebastian Hiller / Kim Lewis /
PubMed 要旨Discovery of antibiotics acting against Gram-negative species is uniquely challenging due to their restrictive penetration barrier. BamA, which inserts proteins into the outer membrane, is an ...Discovery of antibiotics acting against Gram-negative species is uniquely challenging due to their restrictive penetration barrier. BamA, which inserts proteins into the outer membrane, is an attractive target due to its surface location. Darobactins produced by Photorhabdus, a nematode gut microbiome symbiont, target BamA. We reasoned that a computational search for genes only distantly related to the darobactin operon may lead to novel compounds. Following this clue, we identified dynobactin A, a novel peptide antibiotic from Photorhabdus australis containing two unlinked rings. Dynobactin is structurally unrelated to darobactins, but also targets BamA. Based on a BamA-dynobactin co-crystal structure and a BAM-complex-dynobactin cryo-EM structure, we show that dynobactin binds to the BamA lateral gate, uniquely protruding into its β-barrel lumen. Dynobactin showed efficacy in a mouse systemic Escherichia coli infection. This study demonstrates the utility of computational approaches to antibiotic discovery and suggests that dynobactin is a promising lead for drug development.
リンクNat Microbiol / PubMed:36163500 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折 / EM (電子線結晶学)
解像度1.05 - 3.6 Å
構造データ

14242

7r1w

EMDB-14242, PDB-7r1w:
E. coli BAM complex (BamABCDE) bound to dynobactin A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

PDB-7r1v:
Crystal structure of E.coli BamA beta-barrel in complex with dynobactin A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.5 Å

PDB-7t3h:
MicroED structure of Dynobactin
手法: ELECTRON CRYSTALLOGRAPHY / 解像度: 1.05 Å

化合物

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
  • photorhabdus australis (バクテリア)
  • escherichia coli o157:h7 (大腸菌)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Beta-Barrel / outer membrane / protein insertion / protein folding / protein maturation / antibiotic / natural product / cyclized peptide / antibiotics / drug development / Bam A / MicroED

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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