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タイトルRibosome collisions induce mRNA cleavage and ribosome rescue in bacteria.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 603, Issue 7901, Page 503-508, Year 2022
掲載日2022年3月9日
著者Kazuki Saito / Hanna Kratzat / Annabelle Campbell / Robert Buschauer / A Maxwell Burroughs / Otto Berninghausen / L Aravind / Rachel Green / Roland Beckmann / Allen R Buskirk /
PubMed 要旨Ribosome rescue pathways recycle stalled ribosomes and target problematic mRNAs and aborted proteins for degradation. In bacteria, it remains unclear how rescue pathways distinguish ribosomes stalled ...Ribosome rescue pathways recycle stalled ribosomes and target problematic mRNAs and aborted proteins for degradation. In bacteria, it remains unclear how rescue pathways distinguish ribosomes stalled in the middle of a transcript from actively translating ribosomes. Here, using a genetic screen in Escherichia coli, we discovered a new rescue factor that has endonuclease activity. SmrB cleaves mRNAs upstream of stalled ribosomes, allowing the ribosome rescue factor tmRNA (which acts on truncated mRNAs) to rescue upstream ribosomes. SmrB is recruited to ribosomes and is activated by collisions. Cryo-electron microscopy structures of collided disomes from E. coli and Bacillus subtilis show distinct and conserved arrangements of individual ribosomes and the composite SmrB-binding site. These findings reveal the underlying mechanisms by which ribosome collisions trigger ribosome rescue in bacteria.
リンクNature / PubMed:35264790 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.37 - 13.29 Å
構造データ

13952

7qg8

EMDB-13952, PDB-7qg8:
Structure of the collided E. coli disome - VemP-stalled 70S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.97 Å

13955

7qgh

EMDB-13955, PDB-7qgh:
Structure of the E. coli disome - collided 70S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.48 Å

13956

7qgn

EMDB-13956, PDB-7qgn:
Structure of the SmrB-bound E. coli disome - stalled 70S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.37 Å

13958

7qgr

EMDB-13958, PDB-7qgr:
Structure of the SmrB-bound E. coli disome - collided 70S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.7 Å

13959

7qgu

EMDB-13959, PDB-7qgu:
Structure of the B. subtilis disome - stalled 70S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.75 Å

13961

7qh4

EMDB-13961, PDB-7qh4:
Structure of the B. subtilis disome - collided 70S ribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.45 Å

EMDB-13964:
Structure of the E. coli collided trisome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 13.29 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • escherichia coli k-12 (大腸菌)
  • vibrio alginolyticus (バクテリア)
  • escherichia coli (大腸菌)
  • escherichia coli umea 3162-1 (大腸菌)
  • bacillus subtilis (枯草菌)
キーワードRIBOSOME / Ribosome rescue / disome / ribosome collision / stalling / no-go complex / nuclease / SmrB

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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