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Structure paper

タイトルCryo-EM structures of human A2ML1 elucidate the protease-inhibitory mechanism of the A2M family.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 3033, Year 2022
掲載日2022年5月31日
著者Nadia Sukusu Nielsen / Alessandra Zarantonello / Seandean Lykke Harwood / Kathrine Tejlgård Jensen / Katarzyna Kjøge / Ida B Thøgersen / Leif Schauser / Jesper Lykkegaard Karlsen / Gregers R Andersen / Jan J Enghild /
PubMed 要旨A2ML1 is a monomeric protease inhibitor belonging to the A2M superfamily of protease inhibitors and complement factors. Here, we investigate the protease-inhibitory mechanism of human A2ML1 and ...A2ML1 is a monomeric protease inhibitor belonging to the A2M superfamily of protease inhibitors and complement factors. Here, we investigate the protease-inhibitory mechanism of human A2ML1 and determine the structures of its native and protease-cleaved conformations. The functional inhibitory unit of A2ML1 is a monomer that depends on covalent binding of the protease (mediated by A2ML1's thioester) to achieve inhibition. In contrast to the A2M tetramer which traps proteases in two internal chambers formed by four subunits, in protease-cleaved monomeric A2ML1 disordered regions surround the trapped protease and may prevent substrate access. In native A2ML1, the bait region is threaded through a hydrophobic channel, suggesting that disruption of this arrangement by bait region cleavage triggers the extensive conformational changes that result in protease inhibition. Structural comparisons with complement C3/C4 suggest that the A2M superfamily of proteins share this mechanism for the triggering of conformational change occurring upon proteolytic activation.
リンクNat Commun / PubMed:35641520 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.88 - 4.4 Å
構造データ

13847

7q5z

EMDB-13847, PDB-7q5z:
Cryo-EM structure of native human A2ML1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.25 Å

13848

7q60

EMDB-13848, PDB-7q60:
Structure of TEV cleaved A2ML1 (A2ML1-TE)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.13 Å

13849

7q61

EMDB-13849, PDB-7q61:
Structure of TEV conjugated A2ML1 (A2ML1-TC)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.88 Å

13850

7q62

EMDB-13850, PDB-7q62:
Structure of TEV cleaved A2ML1 dimer (A2ML1-TT dimer)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

PDB-7q1y:
X-ray structure of human A2ML1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 4.4 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードIMMUNE SYSTEM (免疫系) / protease inhibitor (プロテアーゼ阻害剤) / thioester protein (チオエステル) / A2M family / protease (プロテアーゼ) / inhibitor (酵素阻害剤) / thioester (チオエステル)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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