[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルStructure of the decoy module of human glycoprotein 2 and uromodulin and its interaction with bacterial adhesin FimH.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 29, Issue 3, Page 190-193, Year 2022
掲載日2022年3月10日
著者Alena Stsiapanava / Chenrui Xu / Shunsuke Nishio / Ling Han / Nao Yamakawa / Marta Carroni / Kathryn Tunyasuvunakool / John Jumper / Daniele de Sanctis / Bin Wu / Luca Jovine /
PubMed 要旨Glycoprotein 2 (GP2) and uromodulin (UMOD) filaments protect against gastrointestinal and urinary tract infections by acting as decoys for bacterial fimbrial lectin FimH. By combining AlphaFold2 ...Glycoprotein 2 (GP2) and uromodulin (UMOD) filaments protect against gastrointestinal and urinary tract infections by acting as decoys for bacterial fimbrial lectin FimH. By combining AlphaFold2 predictions with X-ray crystallography and cryo-EM, we show that these proteins contain a bipartite decoy module whose new fold presents the high-mannose glycan recognized by FimH. The structure rationalizes UMOD mutations associated with kidney diseases and visualizes a key epitope implicated in cast nephropathy.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:35273390 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.35 - 7.4 Å
構造データ

13378

7pfp

EMDB-13378, PDB-7pfp:
Full-length cryo-EM structure of the native human uromodulin (UMOD)/Tamm-Horsfall protein (THP) filament
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.1 Å

13794

7q3n

EMDB-13794, PDB-7q3n:
Cryo-EM of the complex between human uromodulin (UMOD)/Tamm-Horsfall protein (THP) and the FimH lectin domain from uropathogenic E. coli
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.4 Å

PDB-7p6r:
Crystal structure of the FimH-binding decoy module of human glycoprotein 2 (GP2) (crystal form I)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.9 Å

PDB-7p6s:
Crystal structure of the FimH-binding decoy module of human glycoprotein 2 (GP2) (crystal form II)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.35 Å

PDB-7p6t:
Crystal structure of the FimH-binding decoy module of human glycoprotein 2 (GP2) (crystal form III)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-EDO:
1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-9JE:
pentane-1,5-diol / 1,5-ペンタンジオ-ル

ChemComp-9D2:
2-ethyl-2-(hydroxymethyl)propane-1,3-diol / トリメチロ-ルプロパン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • Human (ヒト)
  • escherichia coli (strain uti89 / upec) (大腸菌)
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / Extracellular matrix / glycoprotein / N-glycan / structural protein / decoy module / D10C domain / D8C sequence / pancreas / intestine / mucosal immunity / FimH / AlphaFold / EGF DOMAIN / BETA-HAIRPIN / ZP MODULE / ZP DOMAIN / ZP-N DOMAIN / ZP-C DOMAIN / INTERDOMAIN LINKER / PROTEIN FILAMENT / PROTEIN POLYMERIZATION / D8C DOMAIN / HIGH-MANNOSE SUGAR / CELL ADHESION / BACTERIAL ADHESIN / TYPE I PILUS / SUGAR BINDING PROTEIN / LECTIN / URINARY TRACT INFECTION / UTI / UROPATHOGENIC E. COLI / UPEC

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る