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タイトルA potent SARS-CoV-2 neutralising nanobody shows therapeutic efficacy in the Syrian golden hamster model of COVID-19.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Issue 1, Page 5469, Year 2021
掲載日2021年9月22日
著者Jiandong Huo / Halina Mikolajek / Audrey Le Bas / Jordan J Clark / Parul Sharma / Anja Kipar / Joshua Dormon / Chelsea Norman / Miriam Weckener / Daniel K Clare / Peter J Harrison / Julia A Tree / Karen R Buttigieg / Francisco J Salguero / Robert Watson / Daniel Knott / Oliver Carnell / Didier Ngabo / Michael J Elmore / Susan Fotheringham / Adam Harding / Lucile Moynié / Philip N Ward / Maud Dumoux / Tessa Prince / Yper Hall / Julian A Hiscox / Andrew Owen / William James / Miles W Carroll / James P Stewart / James H Naismith / Raymond J Owens /
PubMed 要旨SARS-CoV-2 remains a global threat to human health particularly as escape mutants emerge. There is an unmet need for effective treatments against COVID-19 for which neutralizing single domain ...SARS-CoV-2 remains a global threat to human health particularly as escape mutants emerge. There is an unmet need for effective treatments against COVID-19 for which neutralizing single domain antibodies (nanobodies) have significant potential. Their small size and stability mean that nanobodies are compatible with respiratory administration. We report four nanobodies (C5, H3, C1, F2) engineered as homotrimers with pmolar affinity for the receptor binding domain (RBD) of the SARS-CoV-2 spike protein. Crystal structures show C5 and H3 overlap the ACE2 epitope, whilst C1 and F2 bind to a different epitope. Cryo Electron Microscopy shows C5 binding results in an all down arrangement of the Spike protein. C1, H3 and C5 all neutralize the Victoria strain, and the highly transmissible Alpha (B.1.1.7 first identified in Kent, UK) strain and C1 also neutralizes the Beta (B.1.35, first identified in South Africa). Administration of C5-trimer via the respiratory route showed potent therapeutic efficacy in the Syrian hamster model of COVID-19 and separately, effective prophylaxis. The molecule was similarly potent by intraperitoneal injection.
リンクNat Commun / PubMed:34552091 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.5 - 3.0 Å
構造データ

12777

7oan

EMDB-12777, PDB-7oan:
Nanobody C5 bound to Spike
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

PDB-7oao:
Nanobody C5 bound to RBD
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

PDB-7oap:
Nanobody H3 AND C1 bound to RBD
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.901 Å

PDB-7oaq:
Nanobody H3 AND C1 bound to RBD with Kent mutation
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å

PDB-7oau:
Nanobody C5 bound to Kent variant RBD (N501Y)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.65 Å

PDB-7oay:
Nanobody F2 bound to RBD
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.34 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-ACT:
ACETATE ION / 酢酸イオン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-CIT:
CITRIC ACID / クエン酸

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド

ChemComp-GOL:
GLYCEROL / グリセロ-ル

由来
  • severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (ウイルス)
  • vicugna pacos (アルパカ)
  • lama glama (ラマ)
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / Spike / nanobody / high affinity / RBD

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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