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タイトル2.4-Å structure of the double-ring photosystem.
ジャーナル・号・ページSci Adv, Vol. 8, Issue 7, Page eabk3139, Year 2022
掲載日2022年2月18日
著者Pu Qian / Alastair T Gardiner / Ivana Šímová / Katerina Naydenova / Tristan I Croll / Philip J Jackson / Nupur / Miroslav Kloz / Petra Čubáková / Marek Kuzma / Yonghui Zeng / Pablo Castro-Hartmann / Bart van Knippenberg / Kenneth N Goldie / David Kaftan / Pavel Hrouzek / Jan Hájek / Jon Agirre / C Alistair Siebert / David Bína / Kasim Sader / Henning Stahlberg / Roman Sobotka / Christopher J Russo / Tomáš Polívka / C Neil Hunter / Michal Koblížek /
PubMed 要旨Phototrophic Gemmatimonadetes evolved the ability to use solar energy following horizontal transfer of photosynthesis-related genes from an ancient phototrophic proteobacterium. The electron cryo- ...Phototrophic Gemmatimonadetes evolved the ability to use solar energy following horizontal transfer of photosynthesis-related genes from an ancient phototrophic proteobacterium. The electron cryo-microscopy structure of the photosystem at 2.4 Å reveals a unique, double-ring complex. Two unique membrane-extrinsic polypeptides, RC-S and RC-U, hold the central type 2 reaction center (RC) within an inner 16-subunit light-harvesting 1 (LH1) ring, which is encircled by an outer 24-subunit antenna ring (LHh) that adds light-gathering capacity. Femtosecond kinetics reveal the flow of energy within the RC-dLH complex, from the outer LHh ring to LH1 and then to the RC. This structural and functional study shows that has independently evolved its own compact, robust, and highly effective architecture for harvesting and trapping solar energy.
リンクSci Adv / PubMed:35171663 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.35 - 2.5 Å
構造データ

12679

7o0u

EMDB-12679, PDB-7o0u:
Cryo-EM structure (model_1a) of the RC-dLH complex from Gemmatimonas phototrophica at 2.4 A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.35 Å

12680

7o0v

EMDB-12680, PDB-7o0v:
Cryo-EM structure (model_2a) of the RC-dLH complex from Gemmatimonas phototrophica at 2.5 A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

12681

7o0w

EMDB-12681, PDB-7o0w:
Cryo-EM structure of the RC-dLH complex (model_1b) from Gemmatimonas phototrophica at 2.47 A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.47 Å

12682

7o0x

EMDB-12682, PDB-7o0x:
Cryo-EM structure (model_2b) of the RC-dLH complex from Gemmatimonas phototrophica at 2.44 A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.44 Å

化合物

ChemComp-BCL:
BACTERIOCHLOROPHYLL A

ChemComp-LMT:
DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド / 可溶化剤*YM

ChemComp-V7N:
(2~{E},4~{E},6~{E},10~{E},12~{E},14~{E},16~{E},18~{E},20~{E},22~{Z},24~{E},26~{E},28~{E})-23-methanoyl-31-methoxy-2,6,10,14,19,27,31-heptamethyl-dotriaconta-2,4,6,10,12,14,16,18,20,22,24,26,28-tridecaenoic acid

ChemComp-0V9:
(19R,22S)-25-amino-22-hydroxy-22-oxido-16-oxo-17,21,23-trioxa-22lambda~5~-phosphapentacosan-19-yl (9Z)-hexadec-9-enoate

ChemComp-HEC:
HEME C

ChemComp-NDG:
2-acetamido-2-deoxy-alpha-D-glucopyranose / N-アセチル-α-D-グルコサミン

ChemComp-V75:
(2~{S},3~{S},4~{S},5~{S})-4,5-diacetyloxy-3-oxidanyl-oxane-2-carboxylic acid

ChemComp-CD4:
(2R,5R,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-2,14-bis(tetradecanoyloxy)-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphatriacont-1-yl tetradecanoate / テトラミリストイルカルジオリピン

ChemComp-PGW:
(1R)-2-{[(S)-{[(2S)-2,3-dihydroxypropyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(hexadecanoyloxy)methyl]ethyl / POPG / リン脂質*YM

ChemComp-MQ8:
MENAQUINONE 8

ChemComp-BPH:
BACTERIOPHEOPHYTIN A / バクテリオフェオフィチン

ChemComp-FE:
Unknown entry

ChemComp-CRT:
SPIRILLOXANTHIN

ChemComp-V7B:
[(2~{S})-3-[(2~{R},3~{R},4~{R},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-5-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-3,4-bis(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-2-(12-methyltridecanoyloxy)propyl] 12-methyltridecanoate

ChemComp-UYH:
[(2~{S})-3-[(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-6-(hydroxymethyl)-3,4,5-tris(oxidanyl)oxan-2-yl]oxy-2-octadecanoyloxy-propyl] octadecanoate

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • gemmatimonas phototrophica (バクテリア)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Photosynthesis / reaction centre light harvesting complex / RC-dLH / RC-LH1 / carotenoid / quinone / bacteriochlorophyll a / Gemmatimonas phototrophica

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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