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タイトルInterplay between an ATP-binding cassette F protein and the ribosome from Mycobacterium tuberculosis.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 13, Issue 1, Page 432, Year 2022
掲載日2022年1月21日
著者Zhicheng Cui / Xiaojun Li / Joonyoung Shin / Howard Gamper / Ya-Ming Hou / James C Sacchettini / Junjie Zhang /
PubMed 要旨EttA, energy-dependent translational throttle A, is a ribosomal factor that gates ribosome entry into the translation elongation cycle. A detailed understanding of its mechanism of action is limited ...EttA, energy-dependent translational throttle A, is a ribosomal factor that gates ribosome entry into the translation elongation cycle. A detailed understanding of its mechanism of action is limited due to the lack of high-resolution structures along its ATPase cycle. Here we present the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of EttA from Mycobacterium tuberculosis (Mtb), referred to as MtbEttA, in complex with the Mtb 70S ribosome initiation complex (70SIC) at the pre-hydrolysis (ADPNP) and transition (ADP-VO) states, and the crystal structure of MtbEttA alone in the post-hydrolysis (ADP) state. We observe that MtbEttA binds the E-site of the Mtb 70SIC, remodeling the P-site tRNA and the ribosomal intersubunit bridge B7a during the ribosomal ratcheting. In return, the rotation of the 30S causes conformational changes in MtbEttA, forcing the two nucleotide-binding sites (NBSs) to alternate to engage each ADPNP in the pre-hydrolysis states, followed by complete engagements of both ADP-VO molecules in the ATP-hydrolysis transition states. In the post-hydrolysis state, the conserved ATP-hydrolysis motifs of MtbEttA dissociate from both ADP molecules, leaving two nucleotide-binding domains (NBDs) in an open conformation. These structures reveal a dynamic interplay between MtbEttA and the Mtb ribosome, providing insights into the mechanism of translational regulation by EttA-like proteins.
リンクNat Commun / PubMed:35064151 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.71 - 3.23 Å
構造データ

EMDB-23961, PDB-7msc:
Mtb 70SIC in complex with MtbEttA at Pre_R0 state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.97 Å

EMDB-23962, PDB-7msh:
Mtb 70SIC in complex with MtbEttA at Pre_R1 state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.23 Å

EMDB-23969, PDB-7msm:
Mtb 70SIC in complex with MtbEttA at Trans_R0 state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.79 Å

EMDB-23972, PDB-7msz:
Mtb 70SIC in complex with MtbEttA at Trans_R1 state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-23974, PDB-7mt2:
Mtb 70S initiation complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.76 Å

EMDB-23975, PDB-7mt3:
Mtb 70S with P/E tRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-23976, PDB-7mt7:
Mtb 70S with P and E site tRNAs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.71 Å

EMDB-23981:
Mtb 50S
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

PDB-7mu0:
MtbEttA in the ADP bound state
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ANP:
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP / AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM

ChemComp-FME:
N-FORMYLMETHIONINE / N-ホルミルメチオニン

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-VO4:
VANADATE ION

由来
  • mycobacterium tuberculosis h37rv (結核菌)
  • mycobacterium tuberculosis (strain atcc 25618 / h37rv) (結核菌)
  • escherichia coli (大腸菌)
  • mycobacterium tuberculosis (結核菌)
キーワードRIBOSOME / mycobacterium tuberculosis / ABCF ribosome complex / antibiotic / HYDROLASE

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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