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タイトルScaffolding proteins guide the evolution of algal light harvesting antennas.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Issue 1, Page 1890, Year 2021
掲載日2021年3月25日
著者Harry W Rathbone / Katharine A Michie / Michael J Landsberg / Beverley R Green / Paul M G Curmi /
PubMed 要旨Photosynthetic organisms have developed diverse antennas composed of chromophorylated proteins to increase photon capture. Cryptophyte algae acquired their photosynthetic organelles (plastids) from a ...Photosynthetic organisms have developed diverse antennas composed of chromophorylated proteins to increase photon capture. Cryptophyte algae acquired their photosynthetic organelles (plastids) from a red alga by secondary endosymbiosis. Cryptophytes lost the primary red algal antenna, the red algal phycobilisome, replacing it with a unique antenna composed of αβ protomers, where the β subunit originates from the red algal phycobilisome. The origin of the cryptophyte antenna, particularly the unique α subunit, is unknown. Here we show that the cryptophyte antenna evolved from a complex between a red algal scaffolding protein and phycoerythrin β. Published cryo-EM maps for two red algal phycobilisomes contain clusters of unmodelled density homologous to the cryptophyte-αβ protomer. We modelled these densities, identifying a new family of scaffolding proteins related to red algal phycobilisome linker proteins that possess multiple copies of a cryptophyte-α-like domain. These domains bind to, and stabilise, a conserved hydrophobic surface on phycoerythrin β, which is the same binding site for its primary partner in the red algal phycobilisome, phycoerythrin α. We propose that after endosymbiosis these scaffolding proteins outcompeted the primary binding partner of phycoerythrin β, resulting in the demise of the red algal phycobilisome and emergence of the cryptophyte antenna.
リンクNat Commun / PubMed:33767155 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 Å
構造データ

PDB-7lix:
CaRSP1 and scaffolded phycoerythrin beta subunits from the phycobilisome of Porphyridium purpureum
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 2.8 Å

PDB-7liy:
CaRSP2 and scaffolded phycoerythrin beta subunits from the phycobilisome of Porphyridium purpureum
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 2.8 Å

PDB-7liz:
LR6 rod linker and scaffolded phycoerythrin beta subunits from the phycobilisome of Porphyridium purpureum
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 2.8 Å

PDB-7lj0:
Linker 3 and scaffolded phycoerythrin beta subunit from the phycobilisome of Porphyridium purpureum
手法: ELECTRON MICROSCOPY / 解像度: 2.8 Å

化合物

ChemComp-PEB:
PHYCOERYTHROBILIN

由来
  • porphyridium purpureum (真核生物)
キーワードPHOTOSYNTHESIS / linker / phycobilisome / PBS / light harvesting / scaffolding / red algae

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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