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タイトルPolyclonal antibody responses to HIV Env immunogens resolved using cryoEM.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 12, Issue 1, Page 4817, Year 2021
掲載日2021年8月10日
著者Aleksandar Antanasijevic / Leigh M Sewall / Christopher A Cottrell / Diane G Carnathan / Luis E Jimenez / Julia T Ngo / Jennifer B Silverman / Bettina Groschel / Erik Georgeson / Jinal Bhiman / Raiza Bastidas / Celia LaBranche / Joel D Allen / Jeffrey Copps / Hailee R Perrett / Kimmo Rantalainen / Fabien Cannac / Yuhe R Yang / Alba Torrents de la Peña / Rebeca Froes Rocha / Zachary T Berndsen / David Baker / Neil P King / Rogier W Sanders / John P Moore / Shane Crotty / Max Crispin / David C Montefiori / Dennis R Burton / William R Schief / Guido Silvestri / Andrew B Ward /
PubMed 要旨Engineered ectodomain trimer immunogens based on BG505 envelope glycoprotein are widely utilized as components of HIV vaccine development platforms. In this study, we used rhesus macaques to evaluate ...Engineered ectodomain trimer immunogens based on BG505 envelope glycoprotein are widely utilized as components of HIV vaccine development platforms. In this study, we used rhesus macaques to evaluate the immunogenicity of several stabilized BG505 SOSIP constructs both as free trimers and presented on a nanoparticle. We applied a cryoEM-based method for high-resolution mapping of polyclonal antibody responses elicited in immunized animals (cryoEMPEM). Mutational analysis coupled with neutralization assays were used to probe the neutralization potential at each epitope. We demonstrate that cryoEMPEM data can be used for rapid, high-resolution analysis of polyclonal antibody responses without the need for monoclonal antibody isolation. This approach allowed to resolve structurally distinct classes of antibodies that bind overlapping sites. In addition to comprehensive mapping of commonly targeted neutralizing and non-neutralizing epitopes in BG505 SOSIP immunogens, our analysis revealed that epitopes comprising engineered stabilizing mutations and of partially occupied glycosylation sites can be immunogenic.
リンクNat Commun / PubMed:34376662 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 20.0 Å
構造データ

EMDB-23175:
nsEM maps of BG505 SOSIP MD39 in complex with the polyclonal Fab samples from Group 1 of immunized rhesus macaques (Animal IDs: Rh.32034, Rh.32113, Rh.33104, Rh.33395, Rh.34909, Rh.34943)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-23176:
nsEM maps of BG505 SOSIP.v5.2 in complex with the polyclonal Fab samples from Group 2 of immunized rhesus macaques (Animal IDs: Rh.33182, Rh.33203, Rh.33311, Rh.34686, Rh.CD99, Rh.CG41)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-23177:
nsEM maps of BG505 SOSIP.v5.2(7S) in complex with the polyclonal Fab samples from Group 3 of immunized rhesus macaques (Wk8 time point; Animal IDs: Rh.33172, Rh.34919, Rh.34167, Rh.33065, Rh.33176, Rh.34725)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-23178:
nsEM maps of BG505 SOSIP.v5.2(7S) in complex with the polyclonal Fab samples from Group 3 of immunized rhesus macaques (Wk10 time point; Animal IDs: Rh.33172, Rh.34919, Rh.34167, Rh.33065, Rh.33176, Rh.34725)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-23179:
nsEM maps of BG505 SOSIP.v5.2(7S) in complex with the polyclonal Fab samples from Group 3 of immunized rhesus macaques (Wk26 time point; Animal IDs: Rh.33172, Rh.34919, Rh.34167, Rh.33065, Rh.34725)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-23180:
nsEM maps of BG505 SOSIP.v5.2(7S) in complex with the polyclonal Fab samples from Group 3 of immunized rhesus macaques (Wk38 time point; Animal IDs: Rh.33172, Rh.34919, Rh.34167, Rh.33065, Rh.34725)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 20.0 Å

EMDB-23181:
nsEM map of BG505 SOSIP.v5.2(7S) in complex with the polyclonal Fab sample from animal Rh.33172 (Wk26 time point)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.7 Å

EMDB-23182:
nsEM map of BG505 SOSIP.v3 in complex with the polyclonal Fab sample from animal Rh.33172 (Wk26 time point)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.7 Å

EMDB-23183:
nsEM map of BG505 SOSIP.v3 in complex with the polyclonal Fab sample from animal Rh.33311 (Wk26 time point)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 19.7 Å

EMDB-23184:
nsEM map of BG505 SOSIP.v5.2 in complex with the polyclonal Fab sample from animal Rh.33311 (Wk26 time point)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 18.7 Å

EMDB-23185:
BG505 SOSIP fused to a trimeric nanoparticle building block, T33-31A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.6 Å

EMDB-23186:
BG505 SOSIP fused to a trimeric nanoparticle building block, T33-31B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 15.6 Å

EMDB-23218, PDB-7l7t:
BG505 SOSIP reconstructed from a designed nanoparticle, BG505 SOSIP-T33-31 (Component A)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-23219, PDB-7l7u:
BG505 SOSIP reconstructed from a designed nanoparticle, BG505 SOSIP-T33-31 (Component B)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-23222, PDB-7l85:
Designed tetrahedral nanoparticle T33-31 presenting BG505 SOSIP trimers
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-23223, PDB-7l86:
BG505 SOSIP MD39 in complex with the polyclonal Fab pAbC-1 from animal Rh.32034 (Wk26 time point)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-23224, PDB-7l87:
BG505 SOSIP MD39 in complex with the polyclonal Fab pAbC-2 from animal Rh.32034 (Wk26 time point)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-23225, PDB-7l88:
BG505 SOSIP MD39 in complex with the polyclonal Fab pAbC-3 from animal Rh.32034 (Wk26 time point)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-23226, PDB-7l89:
BG505 SOSIP MD39 in complex with the polyclonal Fab pAbC-4 from animal Rh.32034 (Wk26 time point)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-23227, PDB-7l8a:
BG505 SOSIP MD39 in complex with the polyclonal Fab pAbC-1 from animal Rh.33104 (Wk26 time point)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-23228, PDB-7l8b:
BG505 SOSIP MD39 in complex with the polyclonal Fab pAbC-2 from animal Rh.33104 (Wk26 time point)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-23229, PDB-7l8c:
BG505 SOSIP MD39 in complex with the polyclonal Fab pAbC-3 from animal Rh.33104 (Wk26 time point)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-23230, PDB-7l8d:
BG505 SOSIP MD39 in complex with the polyclonal Fab pAbC-4 from animal Rh.33104 (Wk26 time point)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.6 Å

EMDB-23231, PDB-7l8e:
BG505 SOSIP.v5.2(7S) in complex with the polyclonal Fab pAbC-1 from animal Rh.33172 (Wk38 time point)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-23232, PDB-7l8f:
BG505 SOSIP.v5.2(7S) in complex with the polyclonal Fab pAbC-2 from animal Rh.33172 (Wk38 time point)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.66 Å

EMDB-23233, PDB-7l8g:
BG505 SOSIP.v5.2(7S) in complex with the polyclonal Fab pAbC-3 from animal Rh.33172 (Wk38 time point)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-23234:
BG505 SOSIP.v5.2(7S) in complex with the polyclonal Fab pAbC-5 from animal Rh.33172 (Wk38 time point)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-23235, PDB-7l8s:
BG505 SOSIP.v5.2(7S) in complex with the polyclonal Fab pAbC-4 from animal Rh.33172 (Wk38 time point)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-23236, PDB-7l8t:
BG505 SOSIP.v5.2 N241/N289 in complex with the polyclonal Fab pAbC-1 from animal Rh.33311 (Wk26 time point)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-23237, PDB-7l8u:
BG505 SOSIP.v5.2 N241/N289 in complex with the polyclonal Fab pAbC-2 from animal Rh.33311 (Wk26 time point)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

EMDB-23238, PDB-7l8w:
BG505 SOSIP.v5.2 N241/N289 in complex with the polyclonal Fab pAbC-3 from animal Rh.33311 (Wk26 time point)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-23239, PDB-7l8x:
BG505 SOSIP.v5.2 N241/N289 in complex with the polyclonal Fab pAbC-4 from animal Rh.33311 (Wk26 time point)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-23240, PDB-7l8y:
BG505 SOSIP.v5.2 N241/N289 in complex with the polyclonal Fab pAbC-5 from animal Rh.33311 (Wk26 time point)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

EMDB-23241:
BG505 SOSIP.v5.2 N241/N289 in complex with the polyclonal Fab pAbC-6 from animal Rh.33311 (Wk26 time point)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 6.6 Å

EMDB-23242, PDB-7l8z:
BG505 SOSIP.v5.2 N241/N289 in complex with the polyclonal Fab pAbC-7 from animal Rh.33311 (Wk26 time point)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-23243, PDB-7l90:
BG505 SOSIP.v5.2 N241/N289 in complex with the polyclonal Fab pAbC-8 from animal Rh.33311 (Wk26 time point)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.5 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

由来
  • human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
  • macaca mulatta (アカゲザル)
  • Rhesus monkey (アカゲザル)
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV / vaccine design / protein design / nanoparticles / BG505 / DE NOVO PROTEIN / VIRAL PROTEIN/Immune System / Polyclonal antibodies / EMPEM / VIRAL PROTEIN-Immune System complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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