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キーワード
構造解析手法	All X線回折 NMR 電子顕微鏡小角散乱中性子線回折線維回折粉末回折赤外分光 EPR FRET 理論モデルハイブリッド
著者・登録者
ジャーナル
IF	>30 >20 >10 >5 all

タイトル	Characterization of two enzymes from Psychrobacter cryohalolentis that are required for the biosynthesis of an unusual diacetamido-d-sugar.
ジャーナル・号・ページ	J. Biol. Chem., Vol. 296, Page 100463-100463, Year 2021
掲載日	2020年12月30日 (構造データの登録日)
著者	Linehan, M.P. / Thoden, J.B. / Holden, H.M.
リンク	J. Biol. Chem. / PubMed:33639157
手法	X線回折
解像度	1.3 - 1.55 Å
構造データ	PDB-7l7x: X-ray structure of the Pcryo_0638 aminotransferase from Psychrobacter cryohalolentis 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å PDB-7l7y: x-ray structure of the N-acetyltransferase Pcryo_0637 from psychrobacter cryohalolentis in the presence of UDP and acetyl-conezyme A 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å PDB-7l7z: x-ray structure of the N-acetyltransferase Pcryo_0637 from psychrobacter cryohalolentis in the presence of coenzyme A and UDP-di-N-acetyl-bacillosamine 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.55 Å PDB-7l81: x-ray structure of the psychrobacter cryohalolentis N-acetyltransferase Pcryo_0637 in the presence of coenzyme A and 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.3 Å PDB-7l82: x-ray structure of the psychrobacter cryohalolentis Pcryo_0637 N-acetyltransferase in the presene of its reaction tetrahedral intermediate 手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.4 Å
化合物	ChemComp-PMP: 4'-DEOXY-4'-AMINOPYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / ピリドキサミン5′-りん酸 ChemComp-4RA: [(2R,3R,4R,5S,6R)-3-acetamido-6-methyl-5-[(E)-[2-methyl-3-oxidanyl-5-(phosphonooxymethyl)pyridin-4-yl]methylideneamino]-4-oxidanyl-oxan-2-yl] [[(2R,3S,4R,5R)-5-[2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] hydrogen phosphate ChemComp-EDO: 1,2-ETHANEDIOL / エチレングリコ-ル ChemComp-TMA: TETRAMETHYLAMMONIUM ION / テトラメチルアンモニウム ChemComp-NA: Unknown entry / ナトリウムカチオン ChemComp-HOH: WATER ChemComp-UDP: URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP / UDPYM ChemComp-ACO: ACETYL COENZYME A / アデノシン3′-りん酸5′-[二りん酸P²-[(R)-3-ヒドロキシ-2,2-ジメチル-3-[[(以下略) ChemComp-MPD: (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル / 沈殿剤YM ChemComp-CL: Unknown entry / クロリド ChemComp-COA: COENZYME A / CoA ChemComp-XQA: UDP-di-N-acetyl-alpha-bacillosamine / 二りん酸α-(5′-ウリジル)β-[2,4-ビス(アセチルアミノ)-2,4,6-トリデオキシ-α-D-グルコピラノシル] ChemComp-UD4: UDP-2-acetamido-4-amino-2,4,6-trideoxy-alpha-D-glucopyranose / ウリジン5′-二りん酸β-[2-(アセチルアミノ)-4-アミノ-2,4,6-トリデオキシ-α-D-グルコピラノシル] ChemComp-XQD*: [(2~{R},3~{R},4~{S},5~{S},6~{R})-3-acetamido-5-[[(1~{S})-1-[2-[3-[[(2~{R})-4-[[[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-(6-aminopurin-9-yl)-4-oxidanyl-3-phosphonooxy-oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-oxidanyl-phosphoryl]oxy-3,3-dimethyl-2-oxidanyl-butanoyl]amino]propanoylamino]ethylsulfanyl]-1-oxidanyl-ethyl]amino]-6-methyl-4-oxidanyl-oxan-2-yl] [[(2~{R},3~{S},4~{R},5~{R})-5-[2,4-bis(oxidanylidene)pyrimidin-1-yl]-3,4-bis(oxidanyl)oxolan-2-yl]methoxy-oxidanyl-phosphoryl] hydrogen phosphate
由来	psychrobacter cryohalolentis (strain atcc baa-1226 / dsm 17306 / vkm b-2378 / k5) (バクテリア)
キーワード	TRANSFERASE / aminotransferase / pyridoxal 5'-phosphate / carbohydrate / deoxysugar / beta helix / N-acetyltransferase / lipopolysaccharide / bacillosamine / reaction intermediate