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タイトルCompletion of the AAV Structural Atlas: Serotype Capsid Structures Reveals Clade-Specific Features.
ジャーナル・号・ページViruses, Vol. 13, Issue 1, Year 2021
掲載日2021年1月13日
著者Mario Mietzsch / Ariana Jose / Paul Chipman / Nilakshee Bhattacharya / Nadia Daneshparvar / Robert McKenna / Mavis Agbandje-McKenna /
PubMed 要旨The capsid structures of most Adeno-associated virus (AAV) serotypes, already assigned to an antigenic clade, have been previously determined. This study reports the remaining capsid structures of ...The capsid structures of most Adeno-associated virus (AAV) serotypes, already assigned to an antigenic clade, have been previously determined. This study reports the remaining capsid structures of AAV7, AAV11, AAV12, and AAV13 determined by cryo-electron microscopy and three-dimensional image reconstruction to 2.96, 2.86, 2.54, and 2.76 Å resolution, respectively. These structures complete the structural atlas of the AAV serotype capsids. AAV7 represents the first clade D capsid structure; AAV11 and AAV12 are of a currently unassigned clade that would include AAV4; and AAV13 represents the first AAV2-AAV3 hybrid clade C capsid structure. These newly determined capsid structures all exhibit the AAV capsid features including 5-fold channels, 3-fold protrusions, 2-fold depressions, and a nucleotide binding pocket with an ordered nucleotide in genome-containing capsids. However, these structures have viral proteins that display clade-specific loop conformations. This structural characterization completes our three-dimensional library of the current AAV serotypes to provide an atlas of surface loop configurations compatible with capsid assembly and amenable for future vector engineering efforts. Derived vectors could improve gene delivery success with respect to specific tissue targeting, transduction efficiency, antigenicity or receptor retargeting.
リンクViruses / PubMed:33450892 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.54 - 3.16 Å
構造データ

23189

7l5q

EMDB-23189, PDB-7l5q:
The empty AAV7 capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.96 Å

23190

7l5u

EMDB-23190, PDB-7l5u:
The full AAV7 capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.16 Å

23200

7l6a

EMDB-23200, PDB-7l6a:
The genome-containing AAV12 capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.67 Å

23201

7l6b

EMDB-23201, PDB-7l6b:
The empty AAV12 capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.54 Å

23202

7l6e

EMDB-23202, PDB-7l6e:
The genome-containing AAV11 capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.15 Å

23203

7l6f

EMDB-23203, PDB-7l6f:
The empty AAV11 capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.86 Å

23204

7l6h

EMDB-23204, PDB-7l6h:
The genome-containing AAV13 capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

23205

7l6i

EMDB-23205, PDB-7l6i:
The empty AAV13 capsid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.76 Å

化合物

ChemComp-D5M:
2'-DEOXYADENOSINE-5'-MONOPHOSPHATE / dAMP

由来
  • adeno-associated virus - 7 (アデノ随伴ウイルス)
  • adeno-associated virus 12 (アデノ随伴ウイルス)
  • adeno-associated virus 11 (アデノ随伴ウイルス)
  • adeno-associated virus 13 (アデノ随伴ウイルス)
キーワードVIRUS / Icosahedral Capsid / AAV7 / Adeno-associated virus / Parvovirus / Gene Therapy / AAV12 / AAV11 / AAV13

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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