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タイトルStructures of the mycobacterial membrane protein MmpL3 reveal its mechanism of lipid transport.
ジャーナル・号・ページPLoS Biol, Vol. 19, Issue 8, Page e3001370, Year 2021
掲載日2021年8月12日
著者Chih-Chia Su / Philip A Klenotic / Meng Cui / Meinan Lyu / Christopher E Morgan / Edward W Yu /
PubMed 要旨The mycobacterial membrane protein large 3 (MmpL3) transporter is essential and required for shuttling the lipid trehalose monomycolate (TMM), a precursor of mycolic acid (MA)-containing trehalose ...The mycobacterial membrane protein large 3 (MmpL3) transporter is essential and required for shuttling the lipid trehalose monomycolate (TMM), a precursor of mycolic acid (MA)-containing trehalose dimycolate (TDM) and mycolyl arabinogalactan peptidoglycan (mAGP), in Mycobacterium species, including Mycobacterium tuberculosis and Mycobacterium smegmatis. However, the mechanism that MmpL3 uses to facilitate the transport of fatty acids and lipidic elements to the mycobacterial cell wall remains elusive. Here, we report 7 structures of the M. smegmatis MmpL3 transporter in its unbound state and in complex with trehalose 6-decanoate (T6D) or TMM using single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) and X-ray crystallography. Combined with calculated results from molecular dynamics (MD) and target MD simulations, we reveal a lipid transport mechanism that involves a coupled movement of the periplasmic domain and transmembrane helices of the MmpL3 transporter that facilitates the shuttling of lipids to the mycobacterial cell wall.
リンクPLoS Biol / PubMed:34383749 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度2.66 - 4.33 Å
構造データ

EMDB-22724, PDB-7k8a:
CryoEM structure of a trehalose monomycolate transporter in lipid nanodiscs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.65 Å

EMDB-22725, PDB-7k8b:
CryoEM structure of a trehalose monomycolate transporter in lipid nanodiscs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.94 Å

EMDB-22726, PDB-7k8c:
CryoEM structure of a trehalose monomycolate transporter in lipid nanodiscs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.27 Å

EMDB-22728, PDB-7k8d:
CryoEM structure of a trehalose monomycolate transporter in TMM lipid nanodiscs (form II)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.33 Å

EMDB-24206, PDB-7n6b:
Structure of MmpL3 reconstituted into lipid nanodisc in the TMM bound state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.66 Å

PDB-7k7m:
Crystal Structure of a membrane protein
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 3.33 Å

化合物

ChemComp-0HJ:
6-O-[(2S)-2-{(1S)-18-[(1R,2R)-2-hexylcyclopropyl]-1-hydroxyoctadecyl}tricosanoyl]-alpha-D-glucopyranosyl alpha-D-glucopyranoside

由来
  • mycolicibacterium smegmatis (バクテリア)
  • mycolicibacterium smegmatis (strain atcc 700084 / mc(2)155) (バクテリア)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / transporter / TRANSLOCASE / trehalose monomycolate transporter

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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